员工入职时签订放弃仲裁协议书在法律上是无效的，员工仍然有权申请劳动仲裁。以下从多个角度进行详细分析：
法律条款依据：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动争议仲裁是解决劳动争议的重要途径，且该法并未规定员工可以放弃申请仲裁的权利。仲裁协议的有效性需基于双方自愿、平等、合法的基础上，且不得违反法律强制性规定。员工在入职时签订的放弃仲裁协议书，往往是在用人单位的要求下签订，可能并非员工真实意思表示，且该协议排除了员工通过法律途径维护自身合法权益的权利，因此，该协议在法律上应被认定为无效。
法律原则与精神：
- 劳动法旨在保护劳动者的合法权益，确保劳动者在劳动关系中的平等地位。允许员工签订放弃仲裁协议书，将严重损害劳动者的合法权益，违背劳动法的立法宗旨。劳动仲裁作为劳动争议解决的一种法定方式，具有便捷、高效、低成本等特点，是劳动者维护自身权益的重要手段。因此，从法律原则和精神的角度来看，员工入职时签订放弃仲裁协议书也是不被允许的。
实际操作与后果：
- 即使员工在入职时签订了放弃仲裁协议书，当发生劳动争议时，员工仍然有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。用人单位不能以员工已签订放弃仲裁协议书为由，拒绝接受仲裁或阻碍员工申请仲裁。如果用人单位坚持认为放弃仲裁协议书有效，并试图以此为由拒绝仲裁，那么该用人单位可能会面临法律制裁，包括但不限于被仲裁委员会裁决承担不利后果、被法院强制执行等。
建议与提醒：
- 对于员工而言，在入职时应仔细阅读并理解所有签订的文件，特别是涉及自身权益的条款。如果用人单位要求签订放弃仲裁协议书或其他类似文件，员工应明确表示拒绝，并可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
- 对于用人单位而言，应尊重员工的合法权益，不得要求员工签订放弃仲裁协议书或其他损害员工权益的文件。用人单位应通过合法、合规的方式解决劳动争议，维护良好的劳动关系。
综上所述，员工入职时签订放弃仲裁协议书在法律上是无效的，员工仍然有权申请劳动仲裁。如果遇到相关问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。