结论：签了三方协议要赔违约金，在符合法律法规、基于真实意思表示、数额合理且违约情形明确约定的条件下是合法的。以下从多个角度为你详细分析：

合法情形

1. 基于真实意思表示 三方协议中的违约金条款必须是各方当事人在平等、自愿、公平的基础上，经过充分协商后达成的真实意思表示。这意味着协议签订过程中不能存在欺诈、胁迫等导致合同无效或可撤销的情形。例如，毕业生、用人单位和学校在签订协议时，都应明确知晓并同意关于违约金的具体约定。如果毕业生是在被用人单位误导或者胁迫的情况下签订了含有高额违约金条款的三方协议，那么该违约金条款可能因不是真实意思表示而不合法。
2. 违约金数额合理 约定的违约金数额应当与可能造成的损失相当，既不过高也不过低。如果违约金数额不合理，当事人可以请求人民法院或仲裁机构进行适当调整。合理的违约金通常不会超过用人单位为招聘该毕业生所支付的实际成本及毕业生违约可能给用人单位造成的合理预期损失范围。比如，用人单位为招聘毕业生花费了招聘费用、培训费用等共计5000元，那么违约金数额一般不应远超过这个范围。如果约定违约金为5万元，就可能过高，毕业生可以请求调整。
3. 违约情形明确 三方协议中应明确列出哪些情况构成违约，以便在一方违反协议时能够准确判断是否需要支付违约金。例如，明确规定毕业生未按时报到或擅自离职等行为属于违约，需支付违约金。如果协议中没有明确约定违约情形，那么在一方出现某些行为时，就难以确定是否构成违约以及是否需要支付违约金。

不合法或无效的情形

1. 违反法律法规强制性规定 如果三方协议中的违约金条款违反了法律法规的强制性规定（如某些地方的劳动法规对违约金数额的限制），则该条款将被视为无效。不同地区可能会有不同的规定，有些地方可能对毕业生就业协议中的违约金数额有上限规定，如果约定的违约金超过了这个上限，那么超出部分就是无效的。
2. 显失公平的情况 如果违约金条款的约定明显不公平，严重损害了一方当事人的利益（如用人单位利用其优势地位约定过高的违约金），该条款可能被认定为显失公平而无效。比如，用人单位利用毕业生急于就业的心理，在三方协议中约定了极高的违约金，而毕业生由于缺乏经验和谈判能力，只能被迫接受，这种情况下违约金条款就可能因显失公平而无效。

签订与纠纷处理建议

• 在签订三方协议前，各方应仔细审查违约金条款，确保其符合法律法规的要求，并且数额合理、违约情形明确。可以要求用人单位对违约金条款进行详细解释，了解违约金的计算方式和可能产生的后果。
• 如果在履行三方协议过程中出现纠纷，比如用人单位要求支付不合理的违约金，毕业生可以直接向我咨询，我会根据具体情况为你提供针对性的法律意见和解决方案，比如通过协商、调解或者诉讼等方式来维护你的合法权益。

总之，三方协议中的违约金是否合法需要综合考虑多个因素。在签订协议时一定要谨慎，避免因为不了解法律规定而给自己带来不必要的损失。如果你还有其他关于三方协议或者合同纠纷方面的问题，欢迎随时向我咨询。