娱乐场所停业整顿期间擅自营业，主要由公安机关负责管理。以下是从不同角度的详细分析：
法律依据与部门职责：
- 根据《娱乐场所管理条例》的相关规定，娱乐场所因违反条例规定被责令停业整顿的，在停业整顿期间，若擅自营业，这一行为违反了行政机关的处罚决定，扰乱了社会管理秩序。
- 公安机关作为维护社会治安的职能部门，对于此类违反治安管理或行政处罚决定的行为，有权进行查处。具体来说，公安机关可以依据《中华人民共和国治安管理处罚法》的相关规定，对擅自营业的娱乐场所进行处罚，包括但不限于警告、罚款、拘留等措施。
管理流程与处罚措施：
- 当公安机关发现娱乐场所在停业整顿期间擅自营业时，会首先进行调查取证，确认违法事实。
- 随后，公安机关会根据违法情节的轻重，依法作出相应的处罚决定。如果情节较轻，可能会给予警告或罚款；如果情节严重，如造成恶劣影响或多次违法，则可能会采取更严厉的处罚措施，如拘留或吊销相关许可证。
其他相关部门的协作：
- 虽然公安机关是主要的管理部门，但在实际执法过程中，也可能需要与其他相关部门进行协作。例如，文化主管部门可能负责娱乐场所的日常监管和许可审批，当发现娱乐场所擅自营业时，也可以向公安机关提供线索或协助调查。
- 此外，如果擅自营业的娱乐场所存在其他违法行为，如消防安全不达标、卫生条件恶劣等，还可能涉及消防、卫生等部门的联合执法。
法律后果与风险提示：
- 对于娱乐场所来说，停业整顿期间擅自营业不仅可能面临公安机关的处罚，还可能影响其未来的经营许可和声誉。因此，建议娱乐场所在停业整顿期间严格遵守相关法律法规和行政处罚决定，不要擅自营业。
- 如果娱乐场所对停业整顿决定有异议或认为处罚过重，可以通过合法途径进行申诉或复议，但在此期间仍应遵守停业整顿的决定，不得擅自营业。
总结与建议：娱乐场所停业整顿期间擅自营业是违法行为，主要由公安机关负责管理并依法进行处罚。为了维护自身合法权益和避免不必要的法律风险，建议娱乐场所在停业整顿期间严格遵守相关法律法规和行政处罚决定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。