农村土地承包经营合同由村书记名下公司盖章是否违法，需分情况讨论：
若村书记名下公司并非发包方，且未经合法授权：
- 违法性分析：根据《农村土地承包法》及相关规定，农村土地承包经营合同的发包方应为村集体经济组织或村民委员会，并依法享有发包该土地的权利。若村书记名下公司并非发包方，且未经村集体经济组织或村民委员会的合法授权，擅自以公司名义在合同上盖章，此行为可能构成无权代理或超越权限，导致合同效力存疑或无效。
- 法律后果：此类合同可能因发包方主体不适格或盖章行为未经合法授权而被认定为无效或可撤销。若因此造成损失，相关责任方（如村书记名下公司）可能需承担赔偿责任。
若村书记名下公司经合法授权成为发包方：
- 合法性分析：在特定情况下，如村集体经济组织或村民委员会通过合法程序（如民主议定程序）决定将土地承包经营权发包给村书记名下公司，并报经乡、镇人民政府批准，此时该公司作为发包方在合同上盖章是合法的。
- 法律后果：此类合同在满足其他法定条件（如意思表示真实、内容合法合规、形式符合要求等）的情况下，是具有法律效力的。双方应严格按照合同约定履行义务，享受权利。
关于盖章行为的法律效力及注意事项：
- 法律效力基础：即使村书记名下公司经合法授权成为发包方，其盖章行为也需满足合同有效的其他前提条件，如双方意思表示真实、内容合法合规等。
- 注意事项：
- 确保授权合法：村集体经济组织或村民委员会在授权村书记名下公司作为发包方时，应严格履行民主议定程序，并报经乡、镇人民政府批准。
- 合同内容明确：合同应详细列明承包范围、期限、费用等关键条款，避免模糊不清或违法违规的内容。
- 及时登记备案：合同签订后，应到相关土地管理部门进行登记备案，以确保合同的法定效力。
法律建议：
- 在签订农村土地承包经营合同时，务必确认发包方的主体资格和授权情况，避免因发包方不适格或盖章行为未经合法授权而导致合同无效或可撤销。
- 合同内容应明确、合法，并严格履行民主议定程序和政府批准手续，以确保合同的合法性和有效性。
- 若对合同效力或盖章行为存在疑问，建议及时咨询专业律师（即我本人，林卫律师，专注于经济纠纷、房产纠纷领域），以降低法律风险。
可能涉及的法律条款：
- 《农村土地承包法》第十二条：发包方主体资格的规定。
- 《农村土地承包法》第十八条、第十九条：土地承包应遵循的原则和程序，包括民主议定程序和政府批准手续。
- 《民法典》第一百四十三条：民事法律行为有效的条件，包括行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。