核心结论：在刑事案件中，若5年后发现二人同案却一个被判有罪、一个被判无罪，需根据具体情况分析处理方式，主要包括以下几种情况：

1. 若原判决存在事实认定或法律适用错误
   根据《刑事诉讼法》第253条，若发现原判决“事实不清、证据不足”或“违反法定诉讼程序”，可通过审判监督程序（再审）启动纠错。例如：

   • 若无罪判决因证据不足，但后续发现新证据（如监控录像、证人证言）能证明其有罪，可对无罪判决提起再审；
     
   • 若有罪判决因证据瑕疵（如非法取证），但无罪方实际参与犯罪，可对有罪判决纠正量刑或罪名，同时维持无罪判决的合法性（若其确实无罪）。
     关键点：再审需由法院、检察院或当事人提出，且需证明原判决“确有错误”。

2. 若原判决合法但存在量刑或罪名差异
   同案中两人罪名、量刑不同可能因犯罪情节、主观恶性、作用大小等差异导致（如主犯与从犯）。若原判决符合《刑法》分则规定及量刑规范化要求，即使5年后发现差异，通常无需启动再审。例如：

   • 甲实施暴力抢劫，乙仅提供工具未到现场，甲判抢劫罪，乙可能判无罪或帮助罪（情节轻微不处罚）；
     
   • 两人共同盗窃，但甲有前科、乙初犯，甲量刑更重，乙可能因情节轻微获缓刑或免予处罚。
     关键点：法律允许同案不同罚，只要差异符合罪责刑相适应原则。

3. 若涉及“同案不同判”的司法公正问题
   若差异因法院对法律理解不一致或地区司法标准不同导致（如对“共同犯罪”认定标准差异），可通过以下途径解决：

   • 申诉：当事人或近亲属向法院、检察院提出申诉，要求复查案件；
     
   • 检察监督：检察院可依职权启动抗诉或检察建议，督促法院纠正；
     
   • 案例参考：若后续出现类似案件，可引用此案作为“类案不同判”的证据，推动司法统一。
     关键点：司法公正需通过法定程序主张，而非直接推翻原判决。

行动建议：

• 若您是当事人或家属，需收集新证据（如证明原判决错误的物证、书证、证人证言）或查找原判决程序违法线索（如刑讯逼供、证据未质证），再向法院、检察院申请再审；
  
• 若您认为差异因司法不公导致，可向上级法院、检察院或同级人大、政法委反映，但需以书面材料形式提交，避免口头申诉无记录；
  
• 若案件已过再审期限（通常为判决生效后2年），但发现新证据或原判决违反法定程序，仍可申请再审，法院需审查是否符合“例外情形”。
  

法律依据：

• 《刑事诉讼法》第253条（再审条件）；
  
• 《刑法》第25-27条（共同犯罪、主从犯认定）；
  
• 《最高人民法院关于适用〈刑事诉讼法〉的解释》第457-459条（再审程序）。
  

如有具体案件细节（如罪名、证据情况），可进一步向我咨询，我会结合案情分析法律风险及应对策略。