自建房仅有协议和公证书，并不足以完全确认其法律效力及产权归属，但它们是重要的证据材料。以下从不同角度为你详细分析：
一、协议的法律效力
协议内容合法性：
- 自建房协议若内容合法、双方自愿签署，且不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该协议在双方之间是具有法律效力的。它明确了双方的权利和义务，是处理自建房相关纠纷的重要依据。
协议与产权登记：
- 然而，仅有协议并不足以直接确认自建房的产权归属。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，应当依照法律规定登记。因此，自建房的产权确认通常还需要进行产权登记，取得相应的产权证书。
二、公证书的法律效力
公证书的证明作用：
- 公证书是由公证机构根据当事人的申请，依照法定程序对民事法律行为、有法律意义的事实和文书的真实性、合法性予以证明的活动。在自建房协议中，如果进行了公证，那么公证书可以作为协议真实性和合法性的有力证据。
公证书与产权确认：
- 尽管公证书能够证明协议的真实性和合法性，但它同样不能直接确认自建房的产权归属。产权确认仍然需要依据产权登记和相关法律法规进行。
三、自建房产权确认的综合考量
产权登记的重要性：
- 自建房的产权确认，关键在于是否进行了产权登记。只有经过产权登记，取得产权证书，才能从法律上确认自建房的产权归属。
协议和公证书的辅助作用：
- 在自建房产权确认过程中，协议和公证书可以作为重要的辅助证据。它们能够证明双方之间的约定和协议的真实性、合法性，为产权确认提供有力的支持。
其他可能影响产权确认的因素：
- 除了协议和公证书外，自建房的产权确认还可能受到其他因素的影响，如土地使用权、规划许可、施工许可等。这些因素都可能对自建房的产权归属产生影响。
四、建议
完善产权登记手续：
- 为了确保自建房的产权归属得到法律确认，建议尽快完善产权登记手续，取得相应的产权证书。
保留好相关证据材料：
- 在自建房过程中，应保留好协议、公证书以及其他相关证据材料。这些材料在处理自建房相关纠纷时将发挥重要作用。
咨询专业律师：
- 如果在自建房产权确认过程中遇到任何问题或纠纷，建议及时咨询专业律师。律师能够根据你的具体情况提供专业的法律意见和帮助。
如有其他关于自建房产权的疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。