农村自建房的赠予协议经过公证处公证后是有效的。公证能够提升协议的法律效力以及公信力。不过，农村自建房的赠与牵涉到宅基地使用权等方面的问题，这些都受到法律规定的制约。倘若宅基地使用权没有办理合法的变更手续，那么就有可能对赠与协议的效力产生影响。

以下是对这一结论的详细解释：

1. 公证的作用：

   • 公证是公证机构根据自然人、法人或者其他组织的申请，依照法定程序对民事法律行为、有法律意义的事实和文书的真实性、合法性予以证明的活动。
   • 经过公证的赠与协议，其真实性、合法性得到了公证机构的确认，因此在法律上具有更强的证明力。
   • 公证后的赠与协议在发生纠纷时，有助于法院或相关机构快速查明事实，维护双方的合法权益。

2. 农村自建房赠与的特殊性：

   • 农村自建房赠与不仅涉及房屋本身，还牵涉到宅基地使用权的问题。
   • 宅基地使用权是农村集体经济组织成员享有的权利，其转让需符合相关法律规定和当地政策要求。
   • 因此，在进行农村自建房赠与公证时，需要特别注意宅基地使用权的合法变更手续是否办理完毕。

3. 公证时的注意事项：

   • 赠与人必须是房屋合法所有权人，要能提供宅基地使用证、建房审批文件等证明材料，以证实对房屋拥有处分权。
   • 受赠人需符合农村宅基地申请条件，比如为本村集体经济组织成员等，否则可能影响赠与效力。
   • 赠与内容要明确，在公证申请中清晰阐述赠与房屋的具体位置、面积、四至范围等详细信息，避免日后产生歧义。
   • 意思表示要真实自愿，公证机构会着重审查赠与人是否在无胁迫、欺诈等情形下作出赠与决定。

4. 未公证的赠与协议效力：

   • 虽然农村自建房赠与合同并非必须进行公证，但未经公证的赠与协议同样具有法律效力。
   • 然而，在发生纠纷时，未经公证的赠与协议可能需要更多的证据来证明其真实性和合法性。

综上所述，农村自建房的赠予协议经过公证处公证后是有效的，且公证能够为其提供更强的法律保障。在进行农村自建房赠与时，建议双方咨询当地相关部门或专业律师，了解具体的政策要求和操作流程，并确保宅基地使用权的合法变更手续办理完毕。