关于您提出的“农村的房子买卖协议公证以后是否有效”的问题，这是一个涉及法律效力和合同合规性的重要问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、公证对农村房屋买卖协议效力的影响
公证是一种法律程序，通过公证机构的审查，可以确认合同的真实性和合法性，从而增强合同的证明力和公信力。然而，公证本身并不直接创造合同的效力，而是对合同效力的一种证明和强化。因此，即使农村房屋买卖协议经过了公证，其效力仍然需要基于合同本身的合法性和合规性来判断。
二、农村房屋买卖协议有效的条件
合同主体资格：
- 买卖双方必须具备完全民事行为能力，能够独立承担民事责任。
- 特别地，对于农村房屋，买方通常需要是本集体经济组织成员，这是由农村宅基地的集体所有性质决定的。
合同内容合法性：
- 合同内容必须符合法律、行政法规的强制性规定，不得违背公序良俗。
- 农村房屋买卖协议应明确房屋的位置、面积、价格、付款方式、交付时间等关键条款，且这些条款必须合法合规。
- 合同内容还需符合农村房屋买卖的特殊规定，如是否经过集体经济组织同意等。
意思表示真实：
- 买卖双方签订合同必须是基于真实的意思表示，不存在欺诈、胁迫等情形。
三、公证后合同可能无效的情形
尽管公证增强了合同的证明力和公信力，但在某些情况下，公证后的农村房屋买卖协议仍然可能被认定无效。这些情形包括：
合同主体不适格：
- 如买方不是本集体经济组织成员，或签订合同的一方是无民事行为能力人。
合同内容违法：
- 如违反土地管理法规，将宅基地用于非农业建设且未经过合法审批。
- 如房屋存在共有人，但未经其他共有人同意就签订买卖合同。
以合法形式掩盖非法目的：
- 如双方签订农村房屋买卖合同实际上是为了逃避债务、骗取拆迁补偿款等非法目的。
四、建议
- 在签订农村房屋买卖协议前，务必确认买卖双方具备完全民事行为能力，且买方是本集体经济组织成员（如适用）。
- 确保合同内容合法合规，符合农村房屋买卖的特殊规定。
- 考虑进行公证，以增强合同的证明力和公信力。但请记住，公证不是合同有效的必要条件，而是对合同效力的一种证明和强化。
- 如遇任何疑问或纠纷，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见，确保合同的合法性和有效性。
综上所述，已公证的农村房屋买卖协议在符合相关法律法规和合同有效要件的情况下，通常具有法律效力。但具体效力还需根据合同的具体内容和相关法律法规来判断。希望这些解答能对您有所帮助。