房屋转让协议公证后，若涉及拆迁，协议本身的效力不受影响，但拆迁权益的归属需根据协议具体内容及法律规定综合判断。以下从不同角度展开分析：

1. 公证对房屋转让协议效力的影响
   公证是公证机构对民事法律行为的真实性、合法性予以证明的活动。根据《民法典》相关规定，房屋转让协议经公证后，其真实性、合法性得到强化，但公证本身并不直接决定协议的效力。只要协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且双方意思表示真实，协议即具有法律效力。因此，公证后的房屋转让协议在拆迁时依然有效，双方应按协议约定履行义务。

2. 拆迁权益的归属问题
   拆迁权益的归属需根据房屋转让协议的具体内容确定。若协议明确约定房屋所有权及拆迁补偿权益归受让方所有，且协议已履行完毕（如房屋已交付、房款已支付），则受让方有权获得拆迁补偿。若协议未明确约定或约定不明，则需根据《民法典》关于物权变动及合同履行的相关规定，结合房屋实际交付、占有使用等情况综合判断。若房屋已实际交付受让方占有使用，且受让方已支付合理对价，即使未办理过户登记，受让方仍可能被认定为实际权利人，享有拆迁补偿权益。

3. 未办理过户登记的风险
   根据《民法典》第二百零九条，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记发生效力。若房屋转让协议签订后未办理过户登记，房屋所有权仍登记在转让方名下，此时转让方可能被认定为房屋所有权人，从而直接获得拆迁补偿。但受让方可通过以下途径维护权益：

   • 依据转让协议主张权利：要求转让方履行过户义务，或赔偿因未过户导致的损失（包括拆迁补偿款）。
     
   • 主张实际权利人地位：若能证明房屋已实际交付、受让方已支付对价且长期占有使用，可请求法院确认其为实际权利人，从而获得拆迁补偿。
     
   • 注意诉讼时效：若因转让方原因导致未过户，受让方应在知道或应当知道权利受损之日起三年内提起诉讼，否则可能丧失胜诉权。

4. 特殊情形下的处理

   • 若房屋被认定为违法建筑：即使转让协议有效，因违法建筑本身不受法律保护，拆迁时可能无法获得补偿。此时，受让方只能依据协议向转让方主张违约责任或赔偿损失。
     
   • 若转让协议被认定无效：如因转让方无权处分、恶意串通损害第三人利益等原因导致协议无效，则拆迁补偿权益仍归原所有权人所有，受让方需根据过错程度承担相应责任。

建议：

• 签订房屋转让协议时，务必明确约定房屋所有权及拆迁补偿权益的归属，并尽快办理过户登记，以避免纠纷。
  
• 若因客观原因无法立即过户，可要求转让方出具书面承诺，或通过公证、见证等方式固定证据，以证明实际权利归属。
  
• 遇到拆迁时，及时咨询专业律师，评估协议效力及权益归属，必要时通过法律途径维护自身权益。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询。