开发商占用灌溉农田水源属于违法行为，您有权通过法律途径要求其停止侵害、恢复原状并赔偿损失。具体可从以下角度分析和处理：

1. 明确水源权属，确定法律关系

• 若水源属于集体所有（如村集体所有的水库、河流）：根据《民法典》第250条，集体所有的不动产和动产受法律保护，禁止任何组织或个人侵占、哄抢、私分。开发商占用需经集体同意，否则构成侵权。
• 若水源属于国家所有（如国有河流、湖泊）：根据《水法》第3条，水资源属于国家所有，但开发利用需符合规划并取得取水许可。开发商未经许可占用，可能违反《水法》第48条，面临行政处罚。

2. 收集证据，固定侵权事实

• 证明水源用途：收集灌溉农田的用水记录、照片、视频等，证明水源长期用于农业灌溉。
• 证明开发商行为：拍摄开发商占用水源的现场（如截流、改道、建房等），保留施工通知、公告等书面材料。
• 证明损失：若农田因缺水减产，需提供农业部门出具的产量评估报告、购买灌溉设备的发票等。

3. 选择维权途径

• 协商调解：联合村民或村集体与开发商协商，要求其停止占用、恢复水源或补偿损失。协商时可邀请乡镇政府、水利部门参与。
• 行政投诉：向当地水利局、自然资源局或农业农村局举报开发商违法行为，要求行政机关查处（如责令停止违法行为、罚款）。
• 民事诉讼：若协商、投诉无果，可向法院起诉开发商，主张：
  • 停止侵害：要求开发商拆除占用设施、恢复水源；
  • 赔偿损失：包括农田减产损失、恢复水源的费用等；
  • 排除妨碍：若开发商行为持续影响灌溉，可要求其采取补救措施。

4. 特殊情形处理

• 若开发商已取得合法手续（如取水许可）：需审查许可范围是否包含占用灌溉水源。若许可违法（如未征求村民意见），可申请行政复议或提起行政诉讼撤销许可。
• 若水源被污染：可依据《环境保护法》第64条，同时主张环境污染责任，要求开发商承担治理费用和赔偿。

5. 预防措施

• 申请水源确权：向水利部门申请确认水源权属，明确灌溉用途，避免后续纠纷。
• 签订书面协议：若需与开发商合作使用水源，务必签订书面合同，约定用途、期限、补偿等条款。

建议：尽快联系当地水利部门或律师，制定具体维权方案。若需进一步帮助，可直接向我咨询，我会结合您所在地区的法规和案例提供详细指导。