核心前提：本村农田用水被别村占用，涉及水资源使用权益的争议，可能涉及相邻权、水资源管理法规等法律问题。

结论前置：

1. 优先通过协商或行政调解解决：若占用行为未造成严重损失，可先通过村委会、乡镇政府或水利部门协调，明确水资源使用权归属。
   
2. 依法主张权利：若协商无果，可依据《民法典》相邻权条款或地方水资源管理法规，通过行政投诉或民事诉讼要求停止侵害、赔偿损失。
   

具体分析：

1. 确认水资源使用权归属

• 法律依据：根据《中华人民共和国水法》第三条，水资源属于国家所有，但农村集体经济组织的水塘和由农村集体经济组织修建管理的水库中的水，归各该农村集体经济组织使用。
  
• 操作建议：
  
  • 核查本村与别村的水资源使用协议（如有），确认是否存在历史约定或合法授权。
    
  • 若无协议，需通过水利部门或乡镇政府调取水资源规划文件，明确灌溉用水的分配方案。
    

2. 协商与行政调解

• 步骤：
  
  1. 由本村村委会向别村村委会发出书面函件，要求停止占用并恢复原状。
     
  2. 若别村拒绝，可向乡镇政府或县级水利部门申请调解，依据《水法》第五十七条，行政机关有权处理水资源纠纷。
     
• 优势：成本低、效率高，适合争议较小的情况。
  

3. 行政投诉

• 适用情形：若别村占用行为违反水资源管理规定（如无证取水、超量用水）。
  
• 流程：
  
  1. 向县级水利局提交书面投诉材料，附上占用证据（如照片、证人证言）。
     
  2. 水利部门可依据《水法》第六十九条，责令停止违法行为并处罚款。
     

4. 民事诉讼

• 法律依据：根据《民法典》第二百八十八条（相邻权），不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则处理相邻关系。
  
• 诉讼要点：
  
  • 原告：本村村委会或受影响的农户集体。
    
  • 被告：别村村委会或直接占用水的主体。
    
  • 请求：停止侵害、排除妨碍、赔偿损失（如农作物减产损失）。
    
• 证据准备：
  
  • 占用行为的证据（如灌溉记录、现场照片）。
    
  • 损失评估报告（可委托农业部门或第三方机构出具）。
    

5. 刑事责任（极端情况）

• 适用情形：若别村通过破坏水利设施（如挖断水渠）的方式占用，可能涉嫌《刑法》第二百七十五条故意毁坏财物罪。
  
• 操作建议：立即报警，由公安机关立案侦查。
  

注意事项：

• 时效性：民事诉讼的诉讼时效为3年，自知道权利被侵害之日起计算。
  
• 集体行动：若涉及全村利益，建议通过村民会议决议后统一行动，避免个人维权效力不足。
  

如有进一步细节（如占用方式、损失程度等），可直接向我咨询，我会结合具体情形提供更精准的建议。