针对农田灌溉占用农田做水池涉及农户权益的问题，需结合土地管理、农业用水及农村土地承包经营等相关法律规定综合处理，具体分析如下：

1. 法律性质认定
   根据《土地管理法》第四条，农田属于农用地范畴，若占用永久基本农田需经国务院批准，占用一般农田则需符合土地利用总体规划并办理农用地转用审批手续。若未履行审批程序，可能构成非法占用农用地行为（《刑法》第三百四十二条），需承担行政处罚或刑事责任。

2. 农户权益保护路径

   • 承包经营权层面：若水池建设占用农户承包地，需依据《农村土地承包法》第三十五条，经承包方书面同意并签订补偿协议。补偿标准应参照当地征地区片综合地价，包含土地补偿费、安置补助费及地上附着物补偿。
     
   • 集体决策程序：根据《村民委员会组织法》第二十四条，涉及村民利益的事项须经村民会议或村民代表会议讨论决定。若水池属于集体工程，需确保决策程序合法，避免少数人决定损害多数农户权益。

3. 合法建设条件

   • 审批流程：需向县级自然资源部门申请农用地转用审批，同步办理取水许可（《水法》第四十八条）及环境影响评价（《环境影响评价法》第十六条）。
     
   • 替代方案优先：根据《农田水利条例》第十四条，应优先利用现有坑塘、洼地等改造为蓄水池，减少新占耕地。确需新建的，需通过土地整治补充同等数量质量的耕地。

4. 纠纷解决机制

   • 协商调解：可依据《人民调解法》申请乡镇人民调解委员会介入，制定分期补偿方案或土地置换协议。
     
   • 行政救济：对审批行为不服的，可依据《行政复议法》第九条在60日内申请行政复议，或直接提起行政诉讼（《行政诉讼法》第四十六条）。
     
   • 刑事报案：若发现以建设水池为名非法占用耕地改作他用，可向公安机关举报非法占用农用地罪。

实务建议：建议农户首先核查建设方是否取得合法审批手续，要求公示土地补偿方案。若存在程序违法或补偿不合理情形，可联合向县级农业农村部门申请行政协调，或委托律师通过法律程序主张权益。具体操作需结合当地政策及项目性质进一步分析，如有细节需要补充可随时告知。