针对污水处理厂占用农民耕地的情况，核心处理方式需依据占地性质（合法征收或违法占地）分情况讨论，具体如下：

1. 若占地属于合法征收

根据《土地管理法》第四十四条至第四十八条，国家因公共利益需要可依法征收土地，但需满足以下程序：

• 程序合法性：需经省级政府或国务院批准，并发布征收公告、开展土地现状调查、组织听证、签订补偿协议等。
• 补偿标准：应按照被征收土地的原用途给予补偿，包括土地补偿费、安置补助费、地上附着物及青苗补偿费。补偿标准需符合省级政府制定的区片综合地价，且不得低于当地平均水平。
• 农民权益保障：若农民对补偿标准有异议，可申请协调、裁决或提起行政诉讼；若征收程序违法（如未公告、未听证），可主张征收行为无效并要求恢复土地原状。

建议行动：

• 核查征收批文、公告及补偿协议等文件，确认程序是否合法；
  
• 若补偿未到位，可要求当地自然资源部门或乡镇政府协调解决；
  
• 必要时委托律师对征收行为合法性进行审查，并提起行政复议或诉讼。

2. 若占地属于违法占地（未批先占、少批多占等）

根据《土地管理法》第七十七条至第七十九条，未经批准或超过批准范围占用土地的，由县级以上自然资源部门责令退还土地、恢复原状，并可处罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

• 农民权利：可要求占地单位停止侵害、返还土地、赔偿损失（包括土地收益损失、地上附着物损失等）。
• 维权途径：
  
  1. 向当地自然资源部门举报，要求查处违法行为；
     
  2. 申请政府信息公开，获取占地审批文件、规划许可等证据；
     
  3. 提起民事诉讼要求赔偿，或提起行政诉讼要求确认占地行为违法。

典型案例参考：
某地污水处理厂未取得征地批文即占用耕地，法院判决其退还土地、恢复原状，并赔偿农民青苗损失及土地收益损失共计50余万元。

3. 特殊情形：以租代征

若污水处理厂通过“租赁”形式长期占用耕地（如签订20年租赁合同），但未办理征收手续，属于违法行为。根据《农村土地承包法》第五十二条，此类合同因违反法律强制性规定而无效，农民有权要求返还土地并索赔。

风险提示：

• 避免签署“自愿交地”等模糊协议，防止权益受损；
  
• 及时固定证据（如现场照片、租赁合同、补偿记录等），为维权提供支持。

总结建议：

1. 先核实占地性质（合法征收/违法占地/以租代征）；
   
2. 根据性质选择维权路径（行政举报、民事诉讼、行政诉讼）；
   
3. 委托律师介入，协助调查取证、制定策略并参与谈判或诉讼。
   

如有进一步疑问或需具体操作指导，可直接向我咨询，我将结合您所在地区的政策及案件细节提供针对性建议。