针对村里自建小型水库占用农田的情况，结合我国现行法律法规，处理方式需分情况讨论，具体如下：
- 若占用农田属于基本农田
根据《基本农田保护条例》第十七条及《土地管理法》第三十五条，禁止任何单位和个人占用基本农田发展林果业、挖塘养鱼或进行其他破坏耕作层的活动。若水库建设涉及占用基本农田，需满足以下条件：
- 审批程序：必须经国务院批准，且需符合《土地管理法》第四十六条规定的“国家重大建设项目”条件（如防洪、灌溉等涉及公共利益的工程）；
- 补偿标准：若未获批准擅自占用，属于违法行为，需承担行政责任（如罚款、责令恢复原状）及民事赔偿责任（赔偿农田损失、青苗补偿等）；
- 替代方案：若必须占用，需通过“占补平衡”原则，即开垦与所占基本农田数量、质量相当的耕地，或缴纳耕地开垦费由政府组织开垦。
- 若占用农田属于一般耕地
根据《土地管理法》第四十四条，占用一般耕地需依法办理农用地转用审批手续，具体流程为：
- 乡镇政府申请：由村委会或建设单位向乡镇政府提出用地申请；
- 县级审批：乡镇政府审核后报县级自然资源部门，由县级政府批准（涉及永久基本农田的需报国务院批准）；
- 补偿安置：需与农田承包经营权人签订补偿协议，补偿内容包括土地补偿费、安置补助费、地上附着物及青苗补偿费（标准参照《土地管理法》第四十八条及地方实施细则）。
- 若未依法办理审批手续
- 行政责任：根据《土地管理法》第七十七条，未经批准非法占用土地的，由县级以上自然资源部门责令退还土地，限期拆除或没收地上建筑物，并可处罚款（每平方米100元至1000元）；
- 刑事责任：若占用耕地面积达到刑事立案标准（如非法占用基本农田5亩以上或一般耕地10亩以上），可能构成《刑法》第三百四十二条规定的“非法占用农用地罪”，处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。
建议行动步骤：
- 核实土地性质：通过当地自然资源部门查询被占用农田是否属于基本农田；
- 补办审批手续：若符合公共利益需求，尽快向县级政府申请农用地转用审批；
- 协商补偿方案：与农田权利人协商补偿标准，避免纠纷；
- 法律风险评估：若已存在违法行为，建议委托律师介入，通过行政复议或诉讼途径降低损失。
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