购房合同上约定楼顶由买受人独占，这一条款的合法性需分情况讨论：

1. 若楼顶属于业主共有部分：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，建筑区划内的其他公共场所、公用设施和物业服务用房，属于业主共有。楼顶作为建筑物的重要组成部分，通常被视为业主共有部分，除非在规划、设计或销售时已有明确约定归特定业主所有。
   • 若楼顶属于业主共有，则购房合同中约定楼顶由买受人独占的条款，可能因违反法律强制性规定而无效。因为共有部分的权益应由全体业主共同享有，单个业主无权独占。

2. 若楼顶在规划、设计或销售时已明确归特定业主所有：

   • 在某些特殊情况下，如楼顶被设计为私人露台、花园等，并在规划、设计或销售时明确归特定业主所有，且这一约定不违反法律、行政法规的强制性规定，也不损害其他业主的合法权益，那么购房合同中约定楼顶由买受人独占的条款可能是有效的。
   • 但这种情况下，开发商或销售方需提供充分的证据证明楼顶确实已明确归特定业主所有，如规划图纸、销售合同中的明确约定等。

法律建议：

• 对于购房者：在签订购房合同时，应仔细审查合同条款，特别是关于楼顶等共有部分的约定。若合同中存在模糊或不确定的条款，应及时向开发商或销售方询问并要求明确解释。必要时，可咨询专业律师以获取法律意见。
• 对于开发商或销售方：在销售房屋时，应确保购房合同中的条款合法、合规，并明确告知购房者关于楼顶等共有部分的权益情况。避免因条款不明确或违法而引发纠纷。

可能后果：

• 若购房合同中约定楼顶由买受人独占的条款无效，则买受人可能无法独占楼顶，且可能面临与其他业主的纠纷。
• 若因楼顶独占问题引发诉讼，法院将根据具体情况判断合同条款的合法性，并作出相应判决。

总结：购房合同上约定楼顶由买受人独占的合法性取决于楼顶是否属于业主共有部分以及是否有明确约定归特定业主所有。在签订购房合同时，双方应谨慎审查合同条款，并咨询专业律师以获取法律意见，以避免潜在的法律纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。