结论前置：老板跑路后，农民工仍有多种合法途径可以追讨工资，包括向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁、向法院申请支付令或提起诉讼，以及在必要时向公安机关报案或参与破产清算程序。在整个过程中，保留好相关证据是成功的关键。
当老板跑路，农民工面临工资拖欠问题时，可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
向劳动监察部门投诉：
- 农民工可以向公司所在地的劳动监察大队（通常隶属于人力资源和社会保障局）进行投诉。劳动监察部门有权对公司的劳动用工情况进行监督检查，并责令公司支付拖欠的工资。
- 操作建议：提供尽可能详细的证据，如工作合同、工资单、出勤记录等，以协助调查。这些证据将有助于劳动监察部门更快地了解情况，并采取相应的措施。
申请劳动仲裁：
- 如果劳动监察部门无法解决问题，或者农民工希望更直接地解决纠纷，可以向当地的劳动争议仲裁委员会提起劳动仲裁。
- 操作建议：申请仲裁的时效一般为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。即使公司跑路，仲裁委员会也会依据相关证据和法律规定进行缺席裁决。裁决生效后，可申请法院强制执行。
向法院申请支付令：
- 根据《劳动合同法》规定，用人单位拖欠或未足额支付劳动报酬时，劳动者可以向当地人民法院申请支付令。
- 操作建议：法院在受理申请后会对事实和证据进行审查，若符合条件，会在15日内向公司发出支付令。公司在15日内既不提出书面异议又不履行支付令的，农民工可以向法院申请强制执行。
向法院提起诉讼（如必要）：
- 如果农民工对劳动仲裁结果不满意，可以将争议提交到人民法院进行审理。
- 操作建议：法院将根据事实和法律作出判决，为农民工提供进一步的法律救济。在提起诉讼前，建议农民工咨询专业律师，以更好地了解诉讼流程和可能的结果。
向公安机关报案（涉及刑事犯罪）：
- 如果有证据表明公司老板以转移财产、逃匿等方法逃避支付劳动者的劳动报酬，且数额较大，经政府有关部门责令支付仍不支付，可能涉嫌拒不支付劳动报酬罪。
- 操作建议：公安机关立案后，会进行侦查，追缉相关责任人，为农民工追回工资。在报案时，农民工应提供尽可能详细的证据，如老板的逃匿情况、工资拖欠的数额等。
参与破产清算程序（如公司破产）：
- 若公司进入破产清算程序，农民工的工资在破产财产清偿顺序中优先受偿。
- 操作建议：农民工应及时向破产管理人申报债权，并提供工资欠条、劳动合同、考勤记录等证据。破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，会按照法定顺序清偿，其中农民工的工资位于前列。
重要提示：在整个追讨工资的过程中，农民工应特别注意收集和保留能证明劳动关系以及工资数额的证据。这些证据包括但不限于劳动合同、工资条、考勤记录、工作证、同事证言等。证据的充分性和准确性对于成功追回工资至关重要。同时，农民工也可以考虑向我咨询，以获得专业的法律建议和代理服务。
法律依据：
- 《劳动合同法》第三十条：用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
- 《劳动争议调解仲裁法》第五条：发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。
- 《刑法》第二百七十六条之一：以转移财产、逃匿等方法逃避支付劳动者的劳动报酬或者有能力支付而不支付劳动者的劳动报酬，数额较大，经政府有关部门责令支付仍不支付的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；造成严重后果的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。