当被告认为原告申请的鉴定事项与案件无关时，这确实是一个涉及诉讼程序和证据认定的重要问题。以下是我为您详细梳理的处理流程和建议：

一、法院的审查与决定权

首先，需要明确的是，在民事诉讼中，鉴定意见的提出和采纳需遵循法定程序，且法院有权根据案件需要决定是否启动鉴定程序。根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》等相关法律，法院会对原告的鉴定申请进行审查，评估鉴定的必要性、可行性和相关性。这是法院行使审判权的重要体现，也是确保诉讼公正和效率的关键环节。

二、被告提出异议的流程

1. 书面提出异议： 如果被告认为原告申请的鉴定事项与案件无关，应在法定期限内以书面形式向法院提出异议，并详细说明理由。这是被告行使自己诉讼权利的重要方式，也是法院了解被告意见、作出公正决定的基础。

2. 法院的综合考虑： 法院在收到被告的异议后，会综合考虑双方意见及案件实际情况，包括鉴定事项与案件事实的关联性、鉴定的必要性和可行性等因素，作出是否准许鉴定的决定。

三、鉴定程序的推进与结果运用

1. 鉴定程序的启动： 一旦法院决定启动鉴定程序，将依法选定或指定具备相应资质的鉴定机构进行鉴定。这是确保鉴定结果准确性和可靠性的重要步骤。

2. 双方当事人的配合： 在鉴定过程中，双方当事人应积极配合鉴定机构的工作，提供必要的材料和信息。这是确保鉴定工作顺利进行、鉴定结果客观公正的必要条件。

3. 鉴定结果的运用： 鉴定完成后，鉴定机构会出具鉴定意见书。法院会将鉴定意见书作为认定案件事实的重要证据之一，并结合其他证据进行综合判断。如果鉴定结果与案件事实无关或无法证明案件事实，法院将不会采纳该鉴定意见。

四、注意事项与建议

1. 尊重法院的决定： 无论原告还是被告，都应尊重法院的决定，积极配合鉴定工作。这是维护诉讼秩序、确保诉讼公正的重要前提。

2. 合法行使权利： 在鉴定过程中，双方当事人应合法行使自己的权利，不得干扰或阻碍鉴定工作的正常进行。这是确保鉴定结果客观公正的必要条件。

3. 关注鉴定质量： 选择具备相应资质和经验的鉴定机构进行鉴定，确保鉴定结果的准确性和可靠性。这是维护当事人合法权益、确保诉讼公正的重要保障。

综上所述，当被告认为原告申请的鉴定事项与案件无关时，应通过书面形式向法院提出异议，并说明理由。法院将综合考虑双方意见及案件实际情况作出决定。无论结果如何，双方当事人都应尊重法院的决定，积极配合鉴定工作，确保诉讼的公正和效率。