结论：员工迟到已经扣工资后，是否还能以此为依据记为违规，需分情况讨论，一般情况下可以记为违规，但需确保公司规章制度合法且已履行告知义务；若规章制度不合法或未告知员工，则不能以此记为违规。以下为详细分析：
一、公司规章制度合法且已告知员工的情况
规章制度合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。
- 规章制度的内容需合法、合理，且不得违反法律法规的强制性规定。例如，迟到扣工资的规定需符合当地最低工资标准、加班工资支付等规定，且扣款比例需合理，不能过度剥夺员工的劳动报酬。
规章制度告知义务：
- 用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 规章制度制定后，需向劳动者公示或告知，确保劳动者知晓并同意遵守。这可以通过培训、签收、公告等方式进行。
迟到扣工资与记违规的关系：
- 若公司规章制度中明确规定了迟到扣工资的同时可以记为违规，且该规章制度合法且已告知员工，则公司可以以此为依据记为违规。
- 记违规通常作为公司内部管理的一种手段，用于对员工的行为进行约束和评价。在合法合规的前提下，公司有权根据规章制度对员工进行相应的处理。
二、公司规章制度不合法或未告知员工的情况
规章制度不合法：
- 若公司规章制度中的迟到扣工资规定违反了法律法规的强制性规定，如扣款比例过高、扣款后工资低于最低工资标准等，则该规定无效。
- 在此情况下，公司不能以违法的规章制度为依据记为违规，否则可能面临法律风险。
规章制度未告知员工：
- 若公司未将规章制度告知员工，或员工不知晓规章制度的内容，则公司不能以该规章制度为依据记为违规。
- 根据法律规定，用人单位有义务将涉及劳动者切身利益的规章制度告知劳动者，否则该规章制度对劳动者不产生约束力。
三、建议与注意事项
公司应确保规章制度的合法性和合理性：
- 在制定规章制度时，应充分考虑法律法规的要求和员工的实际情况，确保规章制度既合法又合理。
- 规章制度应明确、具体，避免模糊和歧义，以便员工理解和遵守。
公司应履行规章制度的告知义务：
- 通过培训、签收、公告等方式确保员工知晓规章制度的内容。
- 保留好告知员工的证据，如培训记录、签收单、公告照片等，以备不时之需。
员工应了解自己的权益和义务：
- 员工有权了解公司的规章制度和自己的权益义务。
- 若对公司规章制度有疑问或不满，应及时与公司沟通或寻求法律援助。
在处理劳动纠纷时，应注重证据收集：
- 无论是公司还是员工，在处理劳动纠纷时都应注重证据的收集和保存。
- 证据是证明事实的关键，有助于维护自己的合法权益。
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