结论：设施用地建鸡舍且乡镇已备案，是否属于违建不能一概而论，需结合土地性质、规划用途、备案内容及实际建设情况综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、土地性质与规划用途是核心判断依据
若土地性质为设施农用地
根据《自然资源部、农业农村部关于设施农业用地管理有关问题的通知》（自然资规〔2019〕4号），设施农用地包括生产设施用地和附属设施用地，可直接用于或服务于农业生产。若鸡舍属于生产设施用地（如养殖圈舍），且符合当地设施农用地规划，乡镇备案后通常不视为违建。
例外情形：若实际建设超出备案范围（如面积、高度、用途等），或土地性质被擅自改变（如将设施农用地转为建设用地），则可能构成违建。
若土地性质为其他用途（如耕地、林地、建设用地等）
- 耕地/林地：未经批准擅自建鸡舍可能违反《土地管理法》第四十四条（建设占用土地需审批）及《森林法》第五十六条（林地用途管制），属于违建。
- 建设用地：若土地规划用途为工业、商业等，建鸡舍可能因“改变土地用途”被认定为违建，除非已依法办理规划变更手续。
二、乡镇备案的法律效力需结合地方规定
乡镇备案通常是对设施农用地使用的初步认可，但备案不等于合法审批。需进一步确认：
- 备案是否符合县级自然资源、农业农村部门的联合审核要求（如是否纳入年度设施农用地使用计划）；
- 备案后是否按要求进行土地复垦或生态保护（如防止土壤污染）；
- 地方性法规是否对设施农用地有额外限制（如部分地区禁止在基本农田上建养殖设施）。
三、实际建设情况是关键
即使土地性质和备案均合法，若鸡舍建设存在以下情形，仍可能被认定为违建：
- 未取得建设工程规划许可证：在乡村规划区内建设，需按《城乡规划法》第四十一条办理许可；
- 违反环保要求：如未配套污染防治设施，可能因违反《环境保护法》被责令拆除；
- 占用公共空间：如侵占道路、河道管理范围等。
四、法律后果与应对建议
- 若被认定为违建：可能面临限期拆除、罚款、恢复土地原状等处罚（《土地管理法》第七十七条）。
- 建议行动：
- 立即核查土地性质（通过当地自然资源局查询土地利用总体规划图）；
- 确认备案文件是否完整（包括备案表、用地协议、复垦方案等）；
- 若存在争议，可申请行政复议或提起行政诉讼（需在知道处罚决定后60日内申请复议，6个月内起诉）。
提示：实践中，设施农用地政策因地区而异，建议携带土地权属证明、备案文件等材料，直接向我咨询具体风险及合规方案。