结论前置：农村宅基地房产证如果只写了一人的名字，但补充协议说明房子是两人共有，这种约定在法律上是有效的，但需要注意实现方式及可能面临的法律风险。以下从多个角度进行详细分析：

一、法律有效性

1. 物权法与合同法的结合：

   • 根据《民法典》的相关规定（原《物权法》及《合同法》的相关精神），物权登记具有公示公信力，但并不意味着物权登记就是物权变动的唯一依据。在当事人之间，如果存在有效的合同约定，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该约定对当事人之间是具有法律约束力的。
   • 因此，即使房产证上只写了一人的名字，但如果双方签订了补充协议，明确约定房子为两人共有，这种约定在法律上是有效的。

2. 共有关系的认定：

   • 补充协议中明确约定房子为两人共有，可以视为双方对共有关系的确认。这种共有关系可以是按份共有，也可以是共同共有，具体取决于补充协议中的约定。

二、实现方式及法律风险

1. 实现方式：

   • 更正登记：如果双方愿意，可以共同向不动产登记机构申请更正登记，将房产证上的名字更正为两人共有。这是最直接、最有效的方式，可以避免后续可能出现的法律纠纷。
   • 保留补充协议：如果无法或不愿进行更正登记，双方应妥善保管补充协议，并在必要时通过法律途径维护自己的权益。

2. 法律风险：

   • 第三人利益保护：如果房产证上只有一人的名字，而该房产在后续被处分（如出售、抵押等），第三人可能基于对房产证的信赖而进行交易。如果此时补充协议未被公开或第三人不知情，可能面临第三人利益保护的问题。
   • 举证责任：在发生纠纷时，如果房产证上的名字与实际共有情况不符，持有补充协议的一方需要承担举证责任，证明双方之间存在共有关系。这可能需要提供充分的证据，如补充协议、转账记录、共同居住证明等。

三、建议与措施

1. 及时更正登记：

   • 为了避免后续可能出现的法律纠纷，建议双方尽快共同向不动产登记机构申请更正登记，将房产证上的名字更正为两人共有。

2. 完善补充协议：

   • 如果无法进行更正登记，双方应完善补充协议，明确共有份额、处分方式、收益分配等关键条款，并尽可能提供充分的证据支持共有关系的存在。

3. 咨询专业律师：

   • 在处理此类问题时，建议咨询专业律师，以确保自己的权益得到充分保护。律师可以根据具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。

总结来说，农村宅基地房产证如果只写了一人的名字，但补充协议说明房子是两人共有，这种约定在法律上是有效的。但为了避免后续可能出现的法律纠纷，建议双方及时更正登记或完善补充协议，并咨询专业律师的意见。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。