结论：与总公司签订劳动合同但在分公司工作，发生劳动争议时，分公司是否属于主体不适格，需根据分公司是否依法取得营业执照或登记证书来判断。若分公司依法取得营业执照或登记证书，则具备劳动争议主体资格；若未取得，则可能不直接作为主体，但总公司需承担相应责任。以下从不同角度详细分析：
一、分公司依法取得营业执照或登记证书的情况
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第四条：“劳动合同法规定的用人单位设立的分支机构，依法取得营业执照或者登记证书的，可以作为用人单位与劳动者订立劳动合同。”
- 这意味着，依法取得营业执照或登记证书的分公司，具备独立的用工主体资格，可以独立承担民事责任。
法律后果：
- 在此类情况下，分公司可以直接与劳动者签订劳动合同，并承担相应的劳动法律责任。
- 如果发生劳动争议，劳动者可以将该分公司作为被申请人，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 分公司首先以其管理的财产承担责任；不足部分，由总公司承担补充清偿责任。
二、分公司未依法取得营业执照或登记证书的情况
法律依据：
- 同样根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第四条：“未依法取得营业执照或者登记证书的，受用人单位委托可以与劳动者订立劳动合同。”
- 这表明，未取得营业执照或登记证书的分公司，不具备独立的用工主体资格，不能独立承担民事责任。
法律后果：
- 在此类情况下，虽然合同可能以分公司的名义签订，但实际的法律责任应由总公司承担。
- 如果发生劳动争议，劳动者通常会将总公司作为被申请人，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 不过，在某些情况下，如分公司有可供执行的财产，劳动者也可以将分公司列为共同被申请人，但最终责任仍可能由总公司承担。
三、实际操作中的注意事项
明确责任主体：
- 在劳动争议中，应首先确定责任主体是分公司还是总公司。这取决于分公司是否具备独立的用工主体资格以及是否与总公司存在明确的委托关系。
保留证据：
- 无论是劳动者还是用人单位，在处理劳动争议时都应保留好相关证据，如劳动合同、工资单、考勤记录等。这些证据在争议发生时能够证明自己的主张，有助于维护自身权益。
及时维权：
- 一旦发生劳动争议，劳动者应及时向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。同时，用人单位也应积极应对，避免不必要的法律风险。
四、预防劳动争议的建议
加强人力资源管理：
- 分公司应建立健全的劳动管理制度，确保员工的合法权益得到保障。这包括签订规范的劳动合同、按时支付工资、提供必要的劳动保护等。
遵守相关法律法规：
- 分公司应严格遵守劳动法律法规，避免违法用工行为。例如，不得拖欠工资、不得违法解除劳动合同等。
建立争议解决机制：
- 分公司可以建立内部争议解决机制，如设立劳动争议调解委员会等，以便在争议发生时能够及时、有效地进行调解和处理。
总结：与总公司签订劳动合同但在分公司工作，发生劳动争议时，分公司是否属于主体不适格需根据具体情况判断。若分公司依法取得营业执照或登记证书，则具备劳动争议主体资格；若未取得，则可能不直接作为主体，但总公司需承担相应责任。在实际操作中，应明确责任主体、保留证据、及时维权，并加强预防措施以减少纠纷的发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。