结论是：签过协议并不一定就不能起诉主管部门，这取决于协议的具体内容、签订背景以及是否存在可起诉的法定事由。以下从几个角度进行详细分析：

1. 协议内容与法律效力：

   • 首先，要审查所签订的协议内容。如果协议是双方真实意思表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该协议是具有法律效力的。但这并不意味着协议中的所有条款都能完全限制或排除当事人的诉讼权利。
   • 例如，如果协议中约定了“双方不得就本协议内容提起诉讼”的条款，这样的条款可能因违反法律原则（如诉讼权利是公民的基本权利，不能通过协议剥夺）而被认定为无效。

2. 是否存在可起诉的法定事由：

   • 即使签订了协议，如果主管部门存在违法行为或违约行为，且这些行为给当事人造成了损害，那么当事人仍然有权根据法律规定提起诉讼。
   • 例如，如果主管部门在协议履行过程中存在滥用职权、玩忽职守等违法行为，或者未按照协议约定履行义务，导致当事人权益受损，当事人可以依法向法院提起行政诉讼或民事诉讼。

3. 协议与诉讼的关系：

   • 协议是当事人之间设立、变更、终止民事关系的协议，它主要调整的是当事人之间的权利义务关系。而诉讼是当事人通过司法途径解决争议的一种方式。
   • 签订协议并不意味着当事人就放弃了通过诉讼解决争议的权利。除非协议中有明确的、合法的放弃诉讼权利的条款，否则当事人仍然有权在符合法定条件的情况下提起诉讼。

4. 实际操作中的建议：

   • 在决定是否起诉主管部门之前，建议当事人先仔细审查协议内容，了解协议中的权利义务条款以及可能的争议解决方式。
   • 如果认为主管部门存在违法行为或违约行为，且这些行为给自己造成了损害，可以收集相关证据，如协议文本、履行过程中的相关文件、沟通记录等，以便在诉讼中证明自己的主张。
   • 考虑到诉讼的专业性和复杂性，建议当事人在提起诉讼前咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和指导。

总结来说，签过协议并不意味着就不能起诉主管部门。是否可以起诉取决于协议的具体内容、签订背景以及是否存在可起诉的法定事由。如果当事人认为自己的权益受到了侵害，且符合法定起诉条件，那么完全可以依法提起诉讼来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。