结论：工厂在劳动合同中写双份违约条款，其合法性需根据具体条款内容来判断，一般情况下，若条款内容合法、合理且不违反法律法规的强制性规定，是合法的；但若条款存在违法、显失公平或侵犯劳动者权益的情形，则可能被认定为不合法。

分析说明：

1. 合法性判断的基础：

   • 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。
   • 违约条款作为劳动合同的一部分，其合法性同样需要遵循上述原则。若违约条款内容合法、合理，且不违反法律法规的强制性规定，那么该条款是合法的。

2. 双份违约条款的具体分析：

   • 合法情形：如果工厂在劳动合同中约定的双份违约条款，是基于双方平等自愿、协商一致的原则，且条款内容明确、具体，不违反法律法规的强制性规定，如约定了劳动者和用人单位在违反合同约定时各自应承担的违约责任，且这些责任是合理且对等的，那么这样的双份违约条款是合法的。
   • 不合法情形：如果双份违约条款存在违法、显失公平或侵犯劳动者权益的情形，如约定了过高的违约金、限制了劳动者的合法权益、免除了用人单位的法定责任等，那么这样的条款可能被认定为不合法。根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十六条的规定，下列劳动合同无效或者部分无效：……（二）用人单位免除自己的法定责任、排除劳动者权利的；（三）违反法律、行政法规强制性规定的。

3. 实际案例与法律后果：

   • 在实际案例中，如果劳动者认为劳动合同中的双份违约条款不合法，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求确认该条款无效或撤销。
   • 如果仲裁委员会认定该条款不合法，那么该条款将自始无效，对双方均不产生法律效力。用人单位可能因此面临支付经济补偿、赔偿损失等法律责任。

建议与行动：

• 对于劳动者：在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是违约条款部分。如果发现条款存在违法、显失公平或侵犯自身权益的情形，应及时与用人单位协商修改或拒绝签订。
• 对于用人单位：在制定劳动合同条款时，应遵循合法、公平、平等自愿、协商一致的原则，确保条款内容合法、合理且不违反法律法规的强制性规定。避免设置过高或过低的违约金，以免引发不必要的法律纠纷。

后续思考依据：

• 在判断劳动合同中双份违约条款的合法性时，应重点关注条款内容是否合法、合理，是否违反了法律法规的强制性规定，以及是否侵犯了劳动者的合法权益。
• 如果对条款的合法性存在疑问，建议咨询专业律师或劳动争议仲裁机构，以获取更准确的法律意见和帮助。

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