结论：针对男方在监狱，女方起诉离婚但法院不予立案的情况，可能涉及多个方面的原因。以下将从立案条件、特殊情形处理、建议措施等角度进行详细分析。
一、立案条件分析
起诉条件：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，起诉必须符合以下条件：原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；有明确的被告；有具体的诉讼请求和事实、理由；属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。女方作为原告，若满足上述条件，理论上法院应当受理。
特殊情形考虑：由于男方在监狱，这可能涉及到送达、开庭等程序上的特殊安排。但根据法律规定，这并不构成法院不予立案的法定理由。法院应当根据案件实际情况，采取适当方式送达法律文书，并安排开庭审理。
二、法院不予立案的可能原因
材料不全或不符合要求：女方提交的起诉材料可能存在缺失或不符合法院要求的情况，如未提供男方在监狱的证明、未明确诉讼请求等。
管辖权问题：虽然一般情况下，离婚诉讼由被告住所地法院管辖，但若男方在监狱服刑，根据相关规定，可能由原告住所地法院管辖。若女方未向有管辖权的法院提起诉讼，法院可能不予立案。
法院内部流程或特殊情况：有时法院可能因内部流程、案件积压或特殊情况（如疫情等）而暂时不予立案，但这并非法定理由，且法院应当告知女方具体原因及后续处理方式。
三、建议措施
核实起诉材料：女方应仔细核对起诉材料，确保材料齐全、符合法院要求。特别是要提供男方在监狱的证明文件，以及明确具体的诉讼请求和事实、理由。
确认管辖法院：女方应确认自己是否向有管辖权的法院提起了诉讼。若不确定，可以咨询当地法院或律师，了解具体的管辖规定。
与法院沟通：若法院不予立案，女方应主动与法院沟通，了解具体原因。若法院未给出明确理由或理由不充分，女方可以要求法院出具书面不予立案通知书，并据此向上级法院申诉或寻求其他法律救济途径。
寻求法律援助：若女方在处理此事过程中遇到困难或不确定如何操作，可以寻求专业律师的法律援助。律师可以协助女方准备起诉材料、确认管辖法院、与法院沟通等，以维护女方的合法权益。
四、特殊情形下的处理
若男方在监狱服刑时间较长，且女方确实无法继续共同生活，法院在审理离婚案件时，可能会根据实际情况判决离婚。但在此之前，女方仍需按照法律程序提起诉讼，并经过法院的审理和判决。
五、法律后果提示
若女方未经法院判决而擅自与男方解除婚姻关系（如通过协议离婚等方式），可能面临法律上的无效风险。因此，女方应务必通过法律程序来解除婚姻关系，以确保自己的权益得到保障。
总结：针对男方在监狱，女方起诉离婚但法院不予立案的情况，女方应首先核实起诉材料、确认管辖法院，并与法院沟通了解具体原因。若遇到困难或不确定如何操作，可以寻求专业律师的法律援助。同时，女方应务必通过法律程序来解除婚姻关系，以确保自己的权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。