结论：从单位离职两年后申请软著是否属于原单位，这主要取决于该软著是否属于职务作品以及您与原单位之间的相关约定。以下从不同角度进行分析：
一、职务作品的认定
职务作品定义：
- 根据《中华人民共和国著作权法》及相关规定，职务作品是指公民为完成法人或者其他组织工作任务所创作的作品。这通常包括两类：一是公民为完成法人或者其他组织工作任务而创作的作品；二是法律、行政法规规定或者合同约定著作权由法人或者其他组织享有的作品。
职务作品归属：
- 对于一般职务作品，著作权由作者（即您）享有，但法人或者其他组织有权在其业务范围内优先使用。作品完成两年内，未经单位同意，作者不得许可第三人以与单位使用的相同方式使用该作品。不过，这一规定主要针对的是作品的使用权，而非著作权归属。
- 对于特殊职务作品（如工程设计图、产品设计图、地图、计算机软件等），著作权通常由法人或者其他组织享有，作者仅享有署名权。但这类作品通常会有明确的合同约定或法律规定。
您的具体情况：
- 如果您在原单位工作期间创作的软著属于职务作品，并且没有明确的合同约定著作权归您所有，那么该软著的著作权可能归属于原单位。但如果您能证明该软著并非为完成原单位工作任务而创作，或者与原单位的工作任务无直接关联，那么该软著的著作权可能归属于您。
二、与原单位的约定
合同约定：
- 如果您与原单位在劳动合同或相关协议中明确约定了软著的著作权归属，那么应按照合同约定执行。这是解决著作权归属问题的最直接、最有效的方式。
无约定情况：
- 如果您与原单位没有明确的合同约定，那么需要根据上述职务作品的认定原则来判断软著的著作权归属。
三、建议与行动
审查合同与协议：
- 首先，建议您仔细审查与原单位签订的劳动合同、保密协议、知识产权协议等相关文件，查看是否有关于软著著作权归属的明确约定。
收集证据：
- 如果您认为该软著并非职务作品或著作权应归属于您，那么建议您收集相关证据，如创作过程中的记录、与原单位的沟通记录等，以证明您的主张。
咨询与协商：
- 如果您对软著的著作权归属存在疑问或争议，建议您先与原单位进行协商，寻求和解或达成共识。如果协商无果，您可以考虑咨询专业律师或相关机构，以获取更具体的法律建议和帮助。
法律途径：
- 如果必要，您可以通过法律途径解决争议，如提起著作权归属确认之诉等。但请注意，法律途径可能涉及较高的成本和时间成本，因此应谨慎考虑。
最后，关于软著的著作权归属问题，它可能受到多种因素的影响，包括职务作品的认定、与原单位的约定等。因此，在处理此类问题时，建议您综合考虑各种因素，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如果您有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。