如申请版号的软件著作权不在自己公司，那么需要确保有权使用该软件著作权，并准备相应的授权文件作为申请材料的一部分。具体分析如下：

一. 软件著作权的重要性

• 在申请版号时，软件著作权是证明软件归属和权利的重要文件。如果软件著作权不在自己公司，那么就需要提供其他证明文件来表明你有权使用该软件。

二. 准备授权文件

• 授权文件：如果软件著作权属于其他公司或个人，你需要从他们那里获得授权，允许你的公司使用该软件并申请版号。这份授权文件应该明确授权的范围、期限以及双方的权利和义务。
• 授权文件通常需要包括：授权方的名称、被授权方的名称、软件名称、版本号、授权范围、授权期限、授权方和被授权方的签字盖章等要素。

三. 提交申请材料

• 在提交版号申请时，除了常规的申请材料（如公司资质证明、软件介绍、测试报告等），还需要特别提交这份授权文件。这是为了证明你的公司有权使用该软件，并符合版号申请的要求。

四. 注意事项

• 确保授权文件的真实性和有效性。授权文件应该是由软件著作权的合法持有人出具的，并且经过双方签字盖章确认。
• 注意授权文件的期限和范围。授权文件应该明确授权你的公司在特定期限内使用特定版本的软件，并申请版号。如果授权文件过期或范围不符，可能会导致版号申请被驳回。

我建议：在准备申请材料时，务必仔细核对授权文件的内容，确保其符合版号申请的要求。同时，也要与软件著作权的合法持有人保持沟通，确保授权文件的真实性和有效性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。