结论：以个人名义申请软件著作权时，通常不需要单位在合同开发协议上盖章。不过，具体是否需要单位盖章，还需根据实际情况来判断，以下从不同情况为你详细分析：

个人独立开发软件的情况

如果软件是由你个人独立开发完成的，不存在与单位合作开发、受单位委托开发等情形，那么在申请软件著作权时，你作为软件的开发者，是该软件著作权的当然权利人。此时，你以个人名义申请软件著作权，只需按照相关规定准备申请材料，如申请表、软件鉴别材料、身份证明等，无需单位在合同开发协议上盖章。因为合同开发协议通常是在存在合作开发等关系时才会涉及，个人独立开发不存在这样的协议，也就不存在盖章的问题。

存在与单位合作开发软件的情况

1. 有明确约定软件著作权归属个人：若你与单位合作开发软件，但在合作协议中明确约定该软件的著作权归你个人所有。在这种情况下，你以个人名义申请软件著作权时，虽然存在合作开发的事实，但由于有明确的约定，申请时一般也不需要单位在合同开发协议上盖章来证明著作权的归属。不过，为了确保申请的顺利进行和避免后续可能出现的纠纷，你可以将合作协议作为证明材料之一提交给著作权登记部门，以证明你对该软件享有著作权。
2. 未明确约定软件著作权归属或约定归双方共有：如果合作协议中没有明确约定软件著作权的归属，或者约定归双方共有，那么在申请软件著作权时，情况就会相对复杂一些。此时，单位作为合作开发的一方，对于软件著作权的申请和登记可能会有一定的参与权和知情权。虽然不一定需要在合同开发协议上盖章，但可能需要与单位协商一致，共同确定申请的方式和权利的分配等问题。如果双方无法达成一致，可能会引发纠纷，需要通过法律途径来解决著作权的归属问题。

受单位委托开发软件的情况

1. 委托合同明确著作权归属个人：要是你受单位委托开发软件，且委托合同中明确规定该软件的著作权归你个人所有。那么在申请软件著作权时，你以个人名义申请，通常不需要单位在合同开发协议上盖章。但同样，为了保障自己的权益，你可以将委托合同作为重要证明材料提交，以证明你享有该软件的著作权。
2. 委托合同未明确著作权归属或约定归单位：若委托合同中没有明确著作权的归属，或者约定归单位所有，那么你以个人名义申请软件著作权就会存在障碍。在这种情况下，单位作为委托方，对软件著作权享有权利，你未经单位同意以个人名义申请，可能构成侵权。如果单位同意你以个人名义申请，可能需要单位出具相关的证明文件或同意书，而不一定是在合同开发协议上盖章。

法律建议：为了避免在申请软件著作权过程中出现不必要的麻烦和纠纷，建议你在开发软件前，无论是个人独立开发、与单位合作开发还是受单位委托开发，都尽可能通过书面合同明确软件著作权的归属。在申请软件著作权时，按照著作权登记部门的要求，认真准备申请材料，确保申请的顺利进行。如果你在软件著作权申请过程中遇到任何问题，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。