路政部门因赔偿争议扣留车辆一般不合法，但特定情形下可能存在例外。以下从不同角度进行分析：

1. 从行政强制措施的合法性角度
   根据《行政强制法》规定，行政机关采取查封、扣押等强制措施需满足三个条件：

   • 法定权限：路政部门（通常为交通运输综合执法机构）的扣押权限仅限于《公路安全保护条例》第72条规定的”超限运输车辆拒不接受处理”情形，或《道路交通安全法》第72条规定的”交通事故收集证据需要”。若因赔偿争议扣车，已超出法定职权范围。
     
   • 法定程序：必须出示执法证件、制作现场笔录、出具扣押决定书（载明事由、依据、期限及救济途径），且扣押期限一般不超过30日（特殊情况经批准可延长30日）。未履行上述程序的扣车行为违法。
     
   • 必要性原则：若通过财产保全、担保等方式可实现保障赔偿目的，则不得采取扣车这种对当事人权益影响较大的措施。

2. 从保险理赔的特殊性角度
   若车辆已投保交强险及商业三者险，根据《保险法》第65条，受害方可直接要求保险公司赔偿。此时路政部门应引导通过保险理赔程序解决，而非直接扣车。
   例外情形：若存在《机动车交通事故责任强制保险条例》第24条规定的”未投保交强险”“肇事逃逸”或”醉酒驾驶”等情形，保险公司可拒赔，此时路政部门可能以”防止赔偿无法实现”为由扣车，但仍需符合行政强制法的程序要求。

3. 从权利救济途径角度
   若车辆被违法扣留，当事人可采取：

   • 行政复议：自知道扣车行为之日起60日内向上一级交通主管部门申请复议
     
   • 行政诉讼：自知道或应当知道扣车行为之日起6个月内直接向法院起诉
     
   • 国家赔偿：若扣车造成车辆贬值等直接损失，可依据《国家赔偿法》第4条主张赔偿

建议处理步骤：

1. 要求路政部门出具书面扣押决定书，核对法律依据及程序合法性
   
2. 立即联系保险公司确认理赔流程，要求其出具书面拒赔意见（如存在拒赔情形）
   
3. 若确认扣车违法，可先通过书面催告要求解除扣押，保留送达证据
   
4. 同步准备行政复议或诉讼材料，重点收集程序违法证据（如未出示证件、未制作笔录等）

如需进一步分析具体案情（如扣车文书内容、事故责任认定情况等），可提供详细信息后为您定制解决方案。