事故双方协商好了，交警扣车也是合法的。下面我将从几个方面对此进行详细解释：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国道路交通安全法》第七十二条第二款规定：“交通警察应当对交通事故现场进行勘验、检查，收集证据；因收集证据的需要，可以扣留事故车辆，但是应当妥善保管，以备核查。”
   • 这表明，交警在处理交通事故时，有权根据收集证据的需要扣留事故车辆，这是法律赋予的权力，与事故双方是否协商好无关。

2. 扣车目的：

   • 交警扣车的主要目的是为了进一步调查事故原因、收集证据，以确保事故处理的公正性和准确性。
   • 即使事故双方已经协商好了，交警仍然需要按照法定程序进行事故处理，包括扣留车辆以进行必要的检验、鉴定等。

3. 协商与扣车的关系：

   • 事故双方的协商主要涉及赔偿、责任划分等方面，是民事纠纷的解决方式。
   • 而交警扣车是行政执法行为，是依据法律规定进行的，不受双方协商结果的影响。

4. 后续处理：

   • 如果事故双方已经协商好，并且交警也完成了事故调查，那么扣留的车辆通常会在调查结束后及时返还给车主。
   • 在此期间，车主可以配合交警的调查工作，提供必要的协助和证明文件。

综上所述，即使事故双方已经协商好了，交警根据法律规定扣留事故车辆也是合法的。这是为了保障事故处理的公正性和准确性，与双方的协商结果无直接关联。如果您对此有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。