管理人员实行年薪制，其加班工资的计算与支付是合法的，但具体是否支付及支付方式需依据劳动合同、公司规章制度及相关法律法规来确定。以下是对此问题的详细分析：

1. 年薪制与加班工资的关系：

   • 年薪制是一种薪酬支付方式，它通常将一年的薪酬总额固定，并按月或按一定周期进行预支，年底或合同期满时进行结算。年薪制并不排除加班工资的存在，关键在于劳动合同或公司规章制度中是否明确规定了加班工资的支付方式和标准。

2. 加班工资的法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者在正常工作时间之外提供劳动的，用人单位应当支付加班工资。加班工资的计算通常基于劳动者的正常工作时间工资和加班时间，按照法定的加班费率进行计算。例如，工作日加班的工资通常是正常工资的150%，休息日加班且不能安排补休的工资是正常工资的200%，法定节假日加班的工资则是正常工资的300%。

3. 年薪制下加班工资的支付情况：

   • 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了年薪制下加班工资的支付方式和标准，那么用人单位应当按照约定支付加班工资。
   • 如果劳动合同或公司规章制度中没有明确规定，但劳动者确实存在加班情况，且加班是用人单位要求的，那么劳动者有权要求用人单位支付加班工资。此时，加班工资的计算可以参照上述法定加班费率进行。

4. 实践中的注意事项：

   • 劳动合同与规章制度：用人单位在与劳动者签订劳动合同时，或制定公司规章制度时，应当明确年薪制下加班工资的支付方式和标准，以避免后续纠纷。
   • 加班记录与证据保留：劳动者应当保留好加班的记录和相关证据，如加班通知、加班审批单、加班工作记录等，以便在需要时证明自己的加班情况。
   • 协商与沟通：如果劳动者对年薪制下的加班工资有疑问或不满，应当及时与用人单位进行协商和沟通，寻求合理的解决方案。

5. 可能的法律后果：

   • 如果用人单位未按照劳动合同或公司规章制度的规定支付加班工资，劳动者有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求用人单位支付加班工资及可能的赔偿金。

建议：对于实行年薪制的管理人员来说，如果劳动合同或公司规章制度中没有明确规定加班工资的支付方式和标准，建议与用人单位进行协商并明确相关条款。同时，劳动者也应当保留好加班的记录和相关证据，以便在需要时维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。