结论：旷工3-5小时被公司扣绩效1000元是否合法，需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度的角度
规章制度合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 如果公司规章制度中明确规定了旷工的处罚措施，包括扣绩效的具体金额，且该规章制度已经过上述法定程序制定并公示或告知劳动者，那么该规章制度对劳动者具有约束力。
规章制度合理性：
- 即便规章制度合法，其内容也需合理。扣绩效1000元对于旷工3-5小时的行为来说，是否合理需结合具体情况判断。如果扣款金额过高，可能被视为不合理，从而引发劳动争议。
二、劳动合同约定的角度
- 如果劳动合同中明确约定了旷工的处罚措施，包括扣绩效的具体金额，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照劳动合同约定扣绩效是合法的。
三、法律法规的角度
旷工处罚的合法性：
- 旷工本身是违反劳动纪律的行为，公司有权对旷工行为进行处罚。但是，处罚措施必须合法、合理，不能侵犯劳动者的合法权益。
扣绩效的合法性：
- 扣绩效属于对劳动者劳动报酬的调整，必须符合法律法规的规定。如果扣款金额过高或缺乏合理依据，可能被视为克扣工资，从而违反《中华人民共和国劳动法》第五十条关于“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资”的规定。
四、具体建议
核查公司规章制度：
- 劳动者应首先核查公司规章制度中关于旷工处罚的规定，确认其是否合法、合理。
核对劳动合同：
- 劳动者应核对劳动合同中关于旷工处罚的约定，确认公司是否按照约定执行。
与公司协商：
- 如果劳动者认为公司扣绩效不合理，可以与公司进行协商，寻求解决方案。
申请劳动仲裁：
- 如果协商无果，劳动者可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。在申请劳动仲裁时，劳动者需要提供相关证据，如公司规章制度、劳动合同、旷工记录、扣绩效通知等。
示例：假设某公司规章制度规定，旷工1小时扣绩效200元，且该规章制度已经过法定程序制定并公示。某员工旷工4小时，公司按照规章制度扣其绩效800元。在此情况下，公司的行为是合法的。但如果公司扣其绩效1000元，则可能因扣款金额过高而被视为不合理。
后续行动建议：如果您认为公司扣绩效的行为不合法或不合理，建议您先与公司进行协商。如果协商无果，您可以向我咨询具体的劳动仲裁流程和所需材料，以便更好地维护自己的合法权益。