结论：旷工一小时扣三小时工资的做法是否违法，需结合具体情况判断，但多数情况下这种做法缺乏法律依据，可能构成违法。以下从不同角度详细分析：

一、从劳动合同或规章制度的角度分析

1. 若劳动合同或规章制度中有明确规定：

   • 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了旷工的处罚措施，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照约定扣除工资可能是合法的。但扣除的工资数额应当合理，不能超出劳动者实际旷工所造成的损失。旷工一小时扣三小时工资，这种扣除比例显然过高，可能超出了合理范围，因此可能构成违法。

2. 若劳动合同或规章制度中无明确规定：

   • 如果劳动合同或公司规章制度中没有明确规定旷工的处罚措施，那么公司单方面决定旷工一小时扣三小时工资就缺乏法律依据。在这种情况下，公司的做法很可能构成违法，劳动者有权要求公司按照实际旷工时间扣除工资或采取其他合法合理的处罚措施。

二、从法律法规的角度分析

• 根据《工资支付暂行规定》第十六条：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”这一规定明确了工资扣除的限额和条件，旷工一小时扣三小时工资的做法很可能超出了这一限额，因此构成违法。

三、实际操作建议

1. 对于劳动者：

   • 如果遇到公司旷工一小时扣三小时工资的情况，首先应查看劳动合同和公司规章制度中是否有相关规定。如果没有规定或规定不合理，可以与公司协商要求按照实际旷工时间扣除工资。
   • 如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

2. 对于用人单位：

   • 在制定规章制度时，应明确旷工的处罚措施，并确保这些措施符合法律法规的强制性规定。
   • 在处理旷工问题时，应遵循公平、合理的原则，避免过度处罚劳动者，以免引发劳动纠纷。

总结来说，旷工一小时扣三小时工资的做法在多数情况下缺乏法律依据，可能构成违法。劳动者在遇到这种情况时，应了解自己的权益并采取相应的措施维护自己的合法权益。同时，用人单位也应遵守相关法律法规，制定合理的规章制度，避免引发不必要的劳动纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。