针对您提出的“未成年在校怀孕被退学是否合法”的问题，我们可以从多个法律层面和实际情况来详细分析。

首先，从教育权益的角度来看，未成年学生，无论男女，都享有接受教育的权利。这是由《中华人民共和国教育法》以及《中华人民共和国未成年人保护法》等法律法规所保障的。学校作为教育机构，其首要职责是提供教育服务，保障学生的受教育权，而非因学生的个人生活状况（如怀孕）而剥夺其受教育权。

其次，针对您提到的具体情境——未成年在校怀孕被退学，我们可以参考上海市教委转发的相关通知精神。该通知明确指出，高校在校学生被纳入人口和计划生育管理和服务范围，但学校不得以生育为由予以退学。虽然这一通知主要针对的是高校学生，但其背后的法律原则和精神同样适用于未成年在校学生。即，学生的生育状况不应成为其被退学的理由。

再者，从妇女权益保护的角度来看，《中华人民共和国妇女权益保障法》也明确规定了妇女在经期、孕期、产期、哺乳期受特殊保护，用人单位（包括学校）不得因怀孕等情形辞退女职工或学生，单方解除劳动（聘用）合同或服务协议。虽然这一条款主要针对的是职场女性，但学校作为教育服务提供者，同样应遵循这一原则，保障女学生的合法权益。

当然，我们也应理解，学校在面对学生怀孕等特殊情况时，可能会面临教学秩序、学生管理等方面的挑战。但解决这些问题的方式不应是简单地退学，而应是通过提供必要的支持和帮助，如心理咨询、学业辅导、休学安排等，来帮助学生度过难关，继续完成学业。

综上所述，未成年在校怀孕被退学是不合法的。学校应依法保障学生的受教育权，不得因学生的生育状况而剥夺其接受教育的机会。同时，学校也应积极采取措施，为学生提供必要的支持和帮助，共同营造一个包容、理解、支持的教育环境。