针对擅自拆改房屋主体结构应由哪个部门进行鉴定的问题，结论如下：

1. 房屋安全管理部门（如住建局或房管局下属的房屋安全鉴定机构）

   • 职责与依据：根据《城市危险房屋管理规定》，县级以上房地产行政主管部门负责管理危险房屋，包括进行专业鉴定。若擅自拆改房屋主体结构影响房屋安全，这些部门将负责鉴定并责令限期整改以消除隐患。
   • 处理方式：业主或相关方可以向房屋安全管理部门提出鉴定申请，该部门将派遣专业人员进行现场勘查和评估，出具鉴定报告，并根据报告结果采取相应的管理措施。

2. 小区物业管理公司（适用于有物业管理的小区）

   • 职责与依据：根据《物业管理条例》，物业服务企业应对物业管理区域内违反装修和使用规定的行为及时制止并报告。虽然物业本身不具备鉴定资质，但可以协助业主联系房屋安全管理部门或进行初步的劝阻和制止。
   • 处理方式：业主发现擅自拆改行为时，可首先向物业反映，物业将进行初步调查并尝试劝阻、制止，同时协助业主联系专业鉴定机构或相关部门。

3. 城市规划部门或城市管理综合行政执法部门

   • 职责与依据：根据《中华人民共和国城乡规划法》，未经许可的改建、扩建行为由相关部门查处。虽然这些部门主要关注规划合规性，但在擅自拆改房屋主体结构涉及违反规划的情况下，也会介入调查。
   • 处理方式：若擅自拆改行为涉嫌违反城乡规划，城市规划部门或城市管理综合行政执法部门将进行调查，并可能要求业主停止违法行为、恢复原状或接受罚款等处罚。在调查过程中，若需要鉴定房屋结构安全性，这些部门也会协调房屋安全管理部门进行鉴定。

法律后果与警示：

• 擅自拆改房屋主体结构不仅可能面临被责令恢复原状、承担整改费用、缴纳罚款等行政处罚，还可能因导致房屋安全隐患或损害他人权益而承担民事赔偿责任。
• 在极端情况下，若擅自拆改行为构成犯罪（如故意毁坏财物罪等），还可能面临刑事处罚。

建议与总结：

• 业主在进行任何房屋改造前，务必咨询相关部门并办理合法手续，确保改造行为符合法律法规要求。
• 若发现擅自拆改房屋主体结构的行为，应及时向物业、房屋安全管理部门或城市规划部门等报告，并配合相关部门的处理工作。
• 如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。