擅自改变房屋使用性质，可能会受到多个部门的联合管理和处罚，具体由哪个部门主导，需根据违规行为的性质和后果来确定。以下是详细的分析：

1. 城乡规划主管部门：

   • 根据《中华人民共和国城乡规划法》，城乡规划主管部门负责城乡规划管理工作，确保房屋使用符合规划确定的用途。
   • 对于擅自改变房屋用途且影响规划实施的行为，城乡规划主管部门可责令限期改正并处以罚款；无法改正的，可能面临拆除或没收实物/违法收入的处罚。

2. 房地产管理部门：

   • 房地产管理部门负责房屋的使用和交易活动的管理。
   • 若业主擅自改变房屋用途，房地产管理部门有权责令其限期整改，恢复原有用途，并依据相关管理规定和租赁合同约定进行处理。

3. 市场监督管理部门：

   • 当擅自改变的房屋用途涉及商业经营活动时，市场监督管理部门会介入。
   • 商业经营需办理营业执照等许可手续，且经营场所应符合规定。对于未办理合法手续的经营行为，市场监督管理部门可责令停止违法行为，没收违法所得，并处以罚款。

4. 消防部门：

   • 消防部门关注房屋用途改变对消防安全的影响。
   • 对于不符合消防安全要求的擅自改变用途的房屋，消防部门有权进行检查和处理，并要求采取整改措施。拒不整改或整改后仍不符合要求的，可依法进行处罚，甚至责令停产停业。

综上所述，擅自改变房屋使用性质是一个涉及多个部门的问题。具体由哪个部门来认定和处理，取决于违规行为的性质和后果。因此，在面临此类问题时，建议首先咨询当地相关部门，了解具体的管理要求和处罚措施。同时，也提醒广大业主和经营者，在改变房屋用途前，应充分了解相关法律法规和管理要求，避免不必要的法律风险和经济损失。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。