关于“补办用地手续后违法事实是否成立”的问题，这需要结合具体的法律情境和事实细节来综合判断。以下是我为您提供的详细分析：

首先，我们要明确的是，违法占地是指行为人未经批准，或者采取欺骗手段骗取批准，违法占用土地进行非农业建设的行为。这包括未经批准擅自占用土地、采用欺骗手段骗取批准文件占用土地建设、少批多占（超批准面积用地）、擅自改变土地用途以及以租代征（变相违法占地）等多种情形。

接下来，我们分析补办用地手续对违法事实认定的影响：

1. 补办手续前的行为性质：

   • 如果在补办用地手续之前，相关单位或个人已经存在违法占地的行为，那么这一行为本身是违法的，不受后续补办手续的影响。即，违法事实在补办手续前已经成立。

2. 补办手续的法律效果：

   • 补办用地手续是对之前违法占地行为的一种法律补救措施。如果补办手续成功，且符合相关法律法规的规定，那么相关单位或个人将获得合法的用地权利。
   • 但是，补办手续并不意味着之前的违法占地行为被“洗白”或“合法化”。它只是对后续用地行为的一种合法化确认，对之前的违法行为仍然需要承担相应的法律责任（如罚款、没收违法所得等，具体根据违法情节和法律法规规定而定）。

3. 具体案例分析：

   • 以您提供的“广东省某工程有限公司诉某市自然资源局行政处罚案”为例，该公司虽然最终获得了最高人民法院的再审判决，确认被诉处罚决定违法，但这并不意味着其之前的违法占地行为被完全否定或合法化。相反，法院在判决中明确指出，该公司未依法取得并完善用地审批手续，应当承担相应的法律责任。只是由于市政府及相关部门的责任以及信赖利益的保护等因素，法院对处罚决定进行了调整。
   • 另一个案例“某某建设单位违法占地案”中，建设单位未取得合法用地手续便动工建设，被自然资源局立案调查并处罚。即使后续可能补办用地手续，但之前的违法占地行为仍然需要承担法律责任。

4. 法律原则的应用：

   • 在处理此类问题时，行政机关应当遵循过罚相当原则，即处罚的种类和幅度应当与违法行为的事实、性质、情节以及社会危害程度相适应。
   • 同时，也要保护相对人的信赖利益，如果相对人基于对政府行为的信赖而进行了投资建设等活动，且这种信赖是合理的、有依据的，那么政府在处罚时应当予以充分考虑。

综上所述，补办用地手续并不改变之前违法占地行为的事实性质。违法事实在补办手续前已经成立，补办手续只是对后续用地行为的一种合法化确认。相关单位或个人仍然需要为之前的违法行为承担相应的法律责任。因此，在补办用地手续后，如果之前的违法占地行为未得到妥善处理或法律责任未得到完全承担，那么违法事实仍然成立。