结论：挂靠总公司时，公司内部人员收取管理费是否合法，需根据具体情况判断，主要涉及是否违反法律法规的强制性规定、是否损害公司利益以及是否经过合法程序等。以下从不同角度进行分析：
一、合法性判断的基本原则
法律法规的强制性规定：
- 根据《中华人民共和国公司法》及相关法律法规，公司内部人员收取管理费是否合法，首先需判断该行为是否违反了法律法规的强制性规定。例如，若收取管理费的行为涉及偷税漏税、贪污受贿等违法行为，则显然不合法。
公司利益的保护：
- 公司内部人员收取管理费，若未经公司合法程序授权，且该费用未用于公司正常运营或发展，而是被个人私吞或用于非法目的，则可能损害公司利益，构成不合法行为。
合法程序的遵循：
- 若公司内部人员收取管理费的行为经过了公司合法程序的授权，如股东会或董事会的决议，且该费用用于公司正常运营或发展，且符合相关法律法规的规定，则该行为可能是合法的。
二、具体情形分析
挂靠协议中的约定：
- 若挂靠协议中明确约定了挂靠方需向总公司支付管理费，且该约定不违反法律法规的强制性规定，且经过了公司合法程序的授权，则公司内部人员收取管理费的行为可能是合法的。但需注意，管理费的收取应合理，不得过高或过低，以免损害公司或挂靠方的利益。
未经授权的收取行为：
- 若公司内部人员未经公司合法程序授权，擅自收取挂靠方的管理费，则该行为可能构成违法。因为该行为可能损害了公司的利益，且未经合法程序授权，缺乏合法性基础。
管理费的用途：
- 即使公司内部人员收取管理费的行为经过了合法程序授权，但若该费用未用于公司正常运营或发展，而是被个人私吞或用于非法目的，则该行为仍然不合法。因为该行为违背了收取管理费的初衷，损害了公司的利益。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 若公司内部人员收取管理费的行为被认定为违法，则可能面临法律责任，如返还非法所得、赔偿公司损失、承担行政责任或刑事责任等。
建议：
- 对于挂靠总公司的情况，建议双方在挂靠协议中明确约定管理费的收取标准、方式及用途等事项，并确保该约定符合相关法律法规的规定。
- 公司应建立健全内部管理制度，加强对公司内部人员收取管理费行为的监督和管理，确保该行为的合法性和合规性。
- 若发现公司内部人员存在违法收取管理费的行为，公司应及时采取措施予以制止，并依法追究相关人员的法律责任。
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