公司因经营困难停业，与员工协商辞职时，确实需要告知赔偿金相关事宜。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律义务角度
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，当公司与员工解除或终止劳动合同时，应当依法支付经济补偿金（在符合法定情形时）。公司因经营困难停业，属于客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行的情形，此时公司与员工协商辞职，应当就经济补偿金等事宜与员工进行充分沟通，并明确告知员工其应享有的权益。
二、协商过程角度
在协商辞职的过程中，公司应当秉持诚信原则，与员工进行平等、自愿的协商。这包括就经济补偿金的数额、支付方式、支付时间等关键条款与员工达成一致。如果公司未告知员工赔偿金相关事宜，或者故意隐瞒、误导员工，导致员工在不知情的情况下签署了辞职协议，那么该协议可能因存在欺诈、胁迫等情形而被认定为无效或可撤销。
三、实际操作角度
明确赔偿金计算方式：公司应当根据员工的工龄、工资水平等因素，按照法定标准计算经济补偿金。具体计算公式为：经济补偿金=工作年限×月工资（工作年限满一年支付一个月工资，六个月以上不满一年的按一年计算，不满六个月的支付半个月工资）。
书面确认协商结果：为了确保双方权益，公司应当与员工就协商结果签订书面协议，明确经济补偿金的数额、支付方式、支付时间等关键条款。这样不仅可以避免后续纠纷，还可以作为双方履行义务的依据。
及时支付赔偿金：公司应当按照协议约定的时间和方式及时支付经济补偿金。如果公司未能按时支付，员工有权依法向劳动仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼，要求公司支付经济补偿金及可能产生的滞纳金或赔偿金。
四、法律后果角度
如果公司未告知员工赔偿金相关事宜，或者未按照法定标准支付经济补偿金，员工有权依法维护自己的权益。这可能导致公司面临劳动仲裁或诉讼的风险，甚至可能因违法解除劳动合同而承担更重的法律责任。
建议：公司在因经营困难停业而与员工协商辞职时，应当充分告知员工赔偿金相关事宜，并按照法定标准计算和支付经济补偿金。如果员工对赔偿金有疑问或异议，公司应当耐心解答并协商解决。如有需要，你也可以直接向我咨询具体的法律问题或寻求进一步的法律帮助。