在公司经营困难，员工主动协商离职的情况下，关于补偿的问题，我们可以从以下几个方面来详细探讨：
经济补偿的基本原则：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，即使公司经营困难，员工主动离职并协商解除劳动合同时，公司仍应根据员工的工作年限、薪资水平以及双方协商的结果，给予一定的经济补偿。
- 经济补偿的具体数额通常与员工在公司的工作年限成正比，即工作年限越长，补偿金额相应越高。
补偿的具体内容：
- 工资与奖金：公司应结清员工离职前的所有工资、奖金及未休假的工资补偿。
- 社保与公积金：确保员工的社保和公积金缴纳至离职当月，无遗漏或欠缴。
- 其他福利：根据公司政策和双方协商，可能还包括年终奖、绩效奖金、股票期权等其他形式的补偿。
协商过程中的注意事项：
- 双方协商：补偿方案应基于双方自愿和平等的基础上进行协商，确保双方都能接受。
- 书面协议：协商达成的补偿方案应形成书面协议，明确补偿内容、金额、支付方式及时间等关键条款，以避免后续纠纷。
- 法律合规：协商过程中应确保所有条款均符合相关法律法规，不得侵犯员工的合法权益。
特殊情况下的处理：
- 若公司经营困难到无法支付全部补偿，双方可协商分期支付或以其他形式（如股权、资产等）进行补偿。
- 若员工存在特殊困难（如家庭负担重、医疗需求等），公司应给予更多的人文关怀和适当的照顾。
综上所述，公司经营困难时员工主动协商离职的补偿问题，需根据双方的具体情况和法律法规进行妥善处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。