当您在取保候审期间手机被扣押，且感觉没有直接证据表明手机与案件紧密相关时，您可以按照以下步骤来合理处理并保障自己的合法权益：

一、首先明确扣押原因并积极配合调查

1. 询问扣押详情：您应当主动向办案机关了解手机被扣押的具体原因。办案机关通常会基于案件侦查的需要，认为手机中可能存储有与犯罪事实相关的电子数据，如短信、聊天记录、转账记录等。

2. 配合调查工作：按照办案机关的要求，您需要提供手机的解锁密码等必要信息，以便他们能够合法地提取和分析手机中的数据。同时，保持耐心，等待案件侦查的完成。

二、了解并跟进扣押期限

1. 熟悉法律规定：根据《公安机关办理刑事案件程序规定》，如果查封、扣押的财物经查明确实与案件无关，办案机关应在三日以内解除查封、扣押并退还原主。这是您维护自己权益的重要法律依据。

2. 定期沟通跟进：您应定期与办案机关沟通，了解案件的进展情况以及手机扣押的处理进度。如果案件已经侦查终结，且手机被确认与案件无关，您应及时提醒办案机关返还手机。

三、申请取回手机的具体方法

1. 案件查清后申请：在侦查机关完成调查后，如果未发现您有相关犯罪事实或其他需要继续扣押手机的情形，您可以向办案机关正式申请解除对手机的扣押并要求返还。

2. 检察院审查起诉时申请：如果案件已经被移送至人民检察院进行审查起诉，您同样可以向检察院提出申请，要求返还被扣押的手机。在申请时，您需要详细说明手机对您的日常生活或工作的重要性，以及为何手机应当被返还。

四、依法提出申诉或控告

如果您发现办案机关存在违法扣押手机的情形，比如扣押的手机明显与案件无关，或者扣押期限已经远远超过了法定时间仍未返还，您可以向办案机关的上级部门、同级人民检察院等相关部门提出申诉或控告。在申诉时，请务必准备好取保候审决定书、手机被扣押的相关凭证等材料，以充分证明自己的主张。

总结与建议：

在整个处理过程中，与办案机关保持密切且有效的沟通是至关重要的。这有助于您及时了解案件的进展和手机扣押的具体情况，从而更好地维护自己的合法权益。同时，保留好所有相关证据也是非常重要的。如果您对法律程序不熟悉或者遇到了复杂的情况，我建议您寻求专业律师的帮助，以确保您的权益能够得到充分且有效的保障。