结论：关于教育培训机构一年后退费时扣除60%违约金是否合法，不能一概而论，需根据合同约定、法律法规及实际情况综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
明确且合法的约定：
- 如果合同中明确规定了退费时需扣除的违约金比例，且该条款不违反法律法规的强制性规定，也不构成显失公平等无效或可撤销情形，那么培训机构依据此条款扣除违约金是合理合法的。例如，合同规定“学员在课程开始后一年后退学，需扣除学费总额的60%作为违约金”，若该比例在合理范围内，且学员在签订合同时已知悉并同意，则扣除行为合法。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
未明确约定或约定不清晰：
- 若合同中没有明确约定违约金，或约定不明确，培训机构不能随意扣取违约金。此时，违约金的计算应基于实际损失额来确定，且不得过分高于或低于实际损失。
霸王条款与告知义务：
- 如果合同中的违约金条款存在加重学员责任、排除学员主要权利等霸王条款情形，可能因违反公平原则而被认定无效。
- 培训机构在签订合同前未履行告知义务，导致学员在不知情的情况下签订含有违约金条款的合同，学员可主张该条款不生效。
二、法律法规角度
- 违约金合理性判断：
- 根据《中华人民共和国民法典》第五百八十四条，违约赔偿额应相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益，但不得超过违约一方订立合同时预见到或应当预见到的损失。
- 因此，即使合同中有违约金条款，其金额也应合理，不得过分高于实际损失。若60%的违约金被认定为过分高于实际损失，学员有权请求人民法院或仲裁机构予以适当减少。
- 法律依据补充：根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉合同编通则若干问题的解释》第六十五条，约定的违约金超过造成损失的百分之三十的，人民法院一般可以认定为过分高于造成的损失。
三、实际情况与特殊处理
不可抗力或正当理由：
- 学员因不可抗拒的理由（如重大疾病、意外伤亡等）或正当理由（如获得正式录取通知书、应征入伍等）提出退学退费申请，培训机构一般应扣除少量手续费后退还剩余费用，而不应扣除高额违约金。
培训机构违约：
- 若因培训机构的原因（如更换老师、场地等）导致学员无法完成学习计划，学员有权要求退学并全额退费，培训机构无权扣取违约金。
四、维权建议与实际操作
协商解决：
- 遇到退费问题，学员应首先尝试与培训机构协商解决，要求其说明扣费依据，并争取达成合理的退费协议。
保留证据：
- 在协商过程中，学员应保留好相关证据，包括书面材料、录音、短信、电子邮件、网络聊天记录等，以备后续维权之需。
投诉或诉讼：
- 若协商不成，学员可以向消费者协会、教育主管部门等投诉，或向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，学员需提供充分证据证明培训机构的违约行为以及退费的合理性。
总结与建议：教育培训机构一年后退费时扣除60%违约金是否合法，需根据合同约定、法律法规及实际情况综合判断。学员在签订合同时应仔细阅读合同条款，特别是关于退费和违约金的约定；在遇到退费问题时，应依法维护自己的合法权益，通过协商、投诉或诉讼等方式解决纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。