结论：政府投资项目在合同未结算的情况下，原则上不能直接办理项目决算，但存在例外情形。具体需结合合同履行状态、结算争议性质及财政资金管理要求综合判断。以下是详细分析：
一、常规情形：合同未结算原则上不能直接办理决算
根据《政府投资条例》（国务院令第712号）第二十二条及《基本建设财务规则》（财政部令第81号）第三十七条，政府投资项目决算需以“完成全部合同结算”为前提条件。具体逻辑如下：
- 决算的核心依据是结算结果
项目决算需汇总所有合同的实际支出，包括工程价款、设备采购款、服务费等。若部分合同未结算，则实际支出金额无法确定，决算报告的完整性、真实性将受影响。
- 财政资金管理要求
政府投资项目需严格执行“先结算、后决算”的流程，确保财政资金使用合规。未结算直接决算可能导致资金超付、虚报冒领等风险，违反《财政违法行为处罚处分条例》第六条。
二、例外情形：满足特定条件时可先行办理决算
若合同未结算系因非主观原因（如争议、不可抗力等），且符合以下条件，可经财政部门或审计部门批准后先行办理决算：
- 合同已履行完毕但存在争议
若合同已实际履行（如工程已竣工验收），仅因价款争议未结算，可按“暂估价”计入决算，并在决算报告中单独说明争议部分。待争议解决后，按实际结算金额调整决算。
- 不可抗力导致结算延迟
如因自然灾害、政策调整等不可抗力导致结算无法按时完成，可凭相关证明材料申请先行决算，但需承诺在结算完成后补报调整。
- 财政资金紧急需求
若项目需紧急投入使用（如抗疫、救灾等），且结算延迟不影响项目核心功能，可经政府批准后先行决算，但需预留结算争议资金。
三、实务建议：分步骤化解风险
- 优先推进合同结算
通过协商、调解或仲裁/诉讼尽快解决结算争议，避免因拖延影响决算进度。
- 申请特殊审批
若确需先行决算，应准备完整材料（如合同履行证明、争议说明、财政部门意见等）向主管部门申请批准。
- 决算报告备注风险
在决算报告中明确标注未结算合同及金额，并承诺后续按实际结算调整，降低合规风险。
提示：政府投资项目决算涉及财政资金安全，建议结合项目具体情况咨询我进一步分析，避免因程序瑕疵导致决算无效或行政责任。