工厂拒绝乙肝病毒携带者是否违法，需根据具体情况综合判断，但总体而言，非特殊情况下工厂拒绝乙肝病毒携带者构成违法。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况下的违法性
法律依据：
- 《中华人民共和国就业促进法》第三十条：明确规定，用人单位招用人员，不得以是传染病病原携带者为由拒绝录用。这确立了乙肝病毒携带者在就业上的平等权利（除特定禁止岗位外）。
- 《中华人民共和国劳动法》第十二条：强调劳动者就业不因民族、种族、性别、宗教信仰不同而受歧视，乙肝病毒携带者在正常工作生活中不具有传染性，因此工厂随意拒绝他们构成就业歧视。
法律解释：
- 在非特定禁止岗位的情况下，工厂拒绝乙肝病毒携带者是违法的，因为这违反了平等就业原则和相关法律法规。乙肝病毒携带者享有与其他劳动者同等的就业权利，工厂不得因其携带乙肝病毒而拒绝录用或解雇。
二、特殊情况下的合法性基础
特定岗位的限制：
- 如果劳动者从事的是法律、行政法规和国务院卫生行政部门明确规定的禁止乙肝病毒携带者从事的岗位，如餐饮直接接触入口食品岗位、幼托机构直接接触幼儿岗位等，且确实有证据表明该员工不适合从事此类工作，工厂在遵循法定程序（如提前通知、给予经济补偿等）的情况下，拒绝录用或解雇可能具有合法性基础。
劳动者存在严重违纪或失职等情况：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条，若乙肝病毒携带者存在严重违反用人单位规章制度、严重失职给用人单位造成重大损害等情形，工厂可以依法解除劳动合同。但这种情况与乙肝病毒携带者的身份无关，而是基于其具体的违纪或失职行为。
三、劳动者的权益保护
法律途径：
- 如果工厂违法拒绝乙肝病毒携带者，劳动者可以通过劳动仲裁或诉讼等法律途径维护自身权益。这可能包括要求工厂恢复劳动关系、支付违法解除劳动合同的赔偿金等。
具体操作：
- 劳动者在遭遇工厂违法拒绝时，应首先收集相关证据，如录用通知、拒绝录用的通知、医疗证明等。
- 然后，劳动者可以向当地劳动仲裁机构申请仲裁，要求工厂承担违法责任。
- 如果对仲裁结果不满，劳动者还可以向人民法院提起诉讼，寻求更进一步的法律救济。
四、总结与建议
总结：
- 工厂拒绝乙肝病毒携带者是否违法需综合考虑多种因素。在大多数情况下，这一行为是违法的，因为它违反了平等就业原则和相关法律法规。然而，在特定情形下（如劳动者从事禁止性岗位或存在严重违纪行为），工厂的拒绝行为可能具有合法性基础。
建议：
- 工厂在招用人员时，应严格遵守相关法律法规，不得以乙肝病毒携带者为由拒绝录用。
- 劳动者在遭遇工厂违法拒绝时，应了解自己的权益，并积极寻求法律援助以维护自己的合法权益。
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