陪产假工资只发底薪是否合法，需根据具体情况来判断。以下是对此问题的详细分析：
当地有明确规定的情形
- 部分地区在人口与计划生育条例等相关法规中，对陪产假期间的工资发放标准有明确规定。例如，某些地区规定男方在陪产假期间应享受与正常出勤相同的工资待遇，这包括基本工资、奖金、津贴等全部工资性收入。
- 若用人单位在这些地区只发放基本工资，而未按照正常出勤工资标准支付，则违反了当地法规，属于不合法行为。劳动者在此情况下可与用人单位协商要求补足差额，或向当地劳动监察部门投诉，甚至依法申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
当地未明确规定的情形
- 在我国，劳动法等相关法律法规并未对陪产假工资做出统一明确规定。因此，在没有地方具体政策指导的情况下，陪产假期间的工资发放主要依据劳动合同的约定或用人单位的规章制度。
- 如果劳动合同中明确约定了陪产假期间只发放基本工资，并且该约定不违反法律法规的强制性规定（如不低于当地最低工资标准），那么用人单位按照该约定执行是合法的。但需注意，基本工资的设定不能低于当地最低工资标准，否则用人单位的行为仍然违法。
- 同时，即使在没有地方明确规定的情况下，用人单位制定的内部规章制度也应合理合法，且不能侵犯劳动者的基本权益。例如，不能通过规章制度来规避支付陪产假期间全部工资性收入的义务。
综合建议：
- 劳动者在面对陪产假工资问题时，应首先了解所在地的相关法律法规及公司的规章制度，明确自己的权益和义务。
- 如发现用人单位存在违法或不合理行为，如只发放基本工资而未支付全部工资性收入，应及时与用人单位沟通协商，要求其按照法律法规或劳动合同约定支付工资。
- 若协商无果，劳动者可以向当地的劳动保障监察部门投诉，由劳动监察部门责令用人单位限期支付工资；还可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁结果不服的，可以进一步向人民法院提起诉讼。
法律依据：
- 虽然国家层面没有统一的法律明确规定陪产假工资的具体发放标准，但各地的人口与计划生育条例以及《劳动法》、《社会保险法》等相关法律法规均从不同角度对劳动者的权益进行了保障。例如，《劳动法》规定劳动者在法定休假日以及依法参加的社会活动期间，用人单位应依法支付工资；陪产假作为劳动者依法享有的权益，应视为正常出勤，因此工资及福利待遇等不应受到任何影响。
总之，陪产假工资只发底薪是否合法，需根据当地的具体规定和劳动合同的约定来判断。劳动者在面对此类问题时，应积极了解自己的权益和义务，并采取合适的措施来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。