关于农村长期无人居住的房屋被盗是否算入室盗窃案的问题，结论需根据房屋的具体状况和法律特征来判断，具体分析如下：
若房屋仍保持着家庭生活的属性且与外界相对隔离：
- 即便房屋长期无人居住，但只要它本质上仍是家庭生活住所（例如，屋主只是因外出务工、旅游等原因暂时离开），且房屋与外界相对隔离，那么进入这样的房屋进行盗窃，通常应认定为入户盗窃。这是因为“入户盗窃”中的“户”，在刑法中通常指的是供他人家庭生活，且与外界相对隔绝的住所。
若房屋已不再作为家庭生活场所或不具备家庭生活的属性：
- 如果房屋已经长期空置，且屋主明确表示不再将其作为家庭生活住所（例如，已决定出售并清空了所有生活物品），或者房屋已经改作他用（如仓库、养殖场等），那么这样的房屋可能就不符合“户”的特征。在这种情况下，进入房屋进行盗窃，可能不构成入户盗窃，而是按一般盗窃行为处理。
特殊情况考虑：
- 还有一种特殊情况是，房屋虽然与外界相对隔离，但尚未供他人家庭生活使用（例如，正在装修期间的新房）。在这种情况下，进入房屋进行盗窃可能不被视为典型的“入户盗窃”，因为立法目的主要是保护户内人员的人身权利，而无人居住且尚未用于家庭生活的房屋通常不存在这一问题。
法律背景与依据：
- 根据《最高人民法院、最高人民检察院关于办理盗窃刑事案件适用法律若干问题的解释》第三条第二款的规定：“非法进入供他人家庭生活，与外界相对隔离的住所盗窃的，应当认定为‘入户盗窃’。”
- 同时，《中华人民共和国刑法》第二百六十四条也明确规定了盗窃行为的处罚，其中入户盗窃是盗窃行为的一种加重情节。
建议与后果：
- 如果您或您身边的人遇到了类似的情况，建议首先保护好现场，及时报警，并尽可能提供详细的盗窃过程和被盗物品信息，以便警方能够迅速展开调查。
- 对于盗窃者而言，如果其行为被认定为入户盗窃，那么将面临更严厉的刑事处罚，包括有期徒刑、拘役、管制以及罚金等。
综上所述，农村长期无人居住的房屋被盗是否算入室盗窃案，需根据房屋的实际情况、法律特征以及相关法律法规进行综合判断。如果您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。