在股东协商退股的情况下，一般建议先更改公司章程，再办理工商变更登记，但具体顺序需根据实际情况和公司章程规定来确定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律程序与规定
公司章程的修改：
- 公司章程是公司的“宪法”，规定了公司的基本制度和运营规则，包括股东的权利和义务、股权转让等事项。
- 当股东协商退股时，首先需要对公司章程进行修改，以反映股权结构的变化。这通常涉及股东会或董事会的决议，并需要按照公司章程规定的程序进行。
- 修改公司章程是内部程序，但它是后续工商变更登记的基础。
工商变更登记：
- 工商变更登记是公司外部法律程序，用于更新公司在工商行政管理部门的登记信息，包括股东名册、股权结构等。
- 根据《公司法》及相关规定，公司股权结构发生变更时，应及时办理工商变更登记手续，以确保公司登记信息的准确性和合法性。
二、实际操作建议
先修改公司章程：
- 修改公司章程可以明确退股股东的权利和义务终止时间，以及新股东的加入和股权比例等事项。
- 这有助于避免在工商变更登记过程中因内部程序未完成而导致的法律纠纷。
再办理工商变更登记：
- 在公司章程修改完成后，应及时向工商行政管理部门提交变更登记申请，并附上相关证明文件，如股东会决议、修改后的公司章程等。
- 工商变更登记完成后，公司的股权结构将在官方登记信息中得到更新，具有对外公示的效力。
三、特殊情况与注意事项
公司章程的特别规定：
- 如果公司章程中有特别规定，如退股程序、工商变更登记的先后顺序等，应优先遵循公司章程的规定。
股东之间的协议：
- 股东之间可能签订有退股协议或其他相关协议，这些协议中可能也规定了工商变更登记和公司章程修改的先后顺序。在这种情况下，应按照协议约定执行。
法律风险与合规性：
- 在处理股东退股事宜时，应确保所有程序都符合法律法规的规定，以避免潜在的法律风险。
- 如果对法律程序不熟悉或存在疑问，建议咨询专业律师以获取准确的法律意见。
总结与建议：在股东协商退股的情况下，一般建议先修改公司章程以明确股权结构的变化，并按照公司章程规定的程序进行内部决议和修改。随后，再向工商行政管理部门提交变更登记申请，以完成外部法律程序。然而，具体顺序可能因公司章程的特别规定或股东之间的协议而有所不同。因此，在处理此类事宜时，应仔细审查公司章程和相关协议，并咨询专业律师以确保合规性和避免法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。