核心结论：在法人签字同意股权回购但公司章程不配合办理工商变更的情况下，股东可通过以下方式退出：

1. 核查公司章程的具体规定
   首先需详细审查公司章程中关于股权转让、回购及工商变更登记的具体条款。若章程中明确规定了股权回购的程序（如需股东会决议、其他股东优先购买权行使等），但公司未履行相关程序，股东可据此主张公司违约，要求其配合办理变更登记。
   若章程无明确限制：根据《公司法》第71条，股东之间可自由转让股权，对外转让需其他股东过半数同意。若法人代表公司回购股权，本质属于股权转让的一种形式，在章程无特殊规定时，股东有权要求公司履行变更登记义务。

2. 以“股权转让合同纠纷”提起诉讼
   若法人已签字同意回购（即双方已签订股权转让协议），但公司拒不配合变更登记，股东可向法院起诉：

   • 诉讼请求：要求公司履行工商变更登记义务，并可能主张违约责任（如赔偿因未变更导致的损失）；
     
   • 证据准备：需提供股权转让协议、法人签字文件、付款凭证（如已支付回购款）、公司拒不配合的沟通记录等；
     
   • 特殊情形：若公司其他股东以“侵犯优先购买权”等理由抗辩，法院可能要求股东会重新决议或调整转让方案。

3. 通过股东会决议强制变更
   若股东持股比例达到一定条件（如持有三分之二以上表决权），可提议召开股东会，通过修改公司章程或直接作出变更股东的决议，再凭决议要求公司办理工商变更。
   注意：若法人同时是控股股东且反对，此路径可能受阻，需结合其他股东态度综合判断。

4. 申请公司解散或股权强制执行（极端情形）

   • 公司解散：若公司陷入僵局（如股东会无法作出有效决议），持股10%以上的股东可向法院申请解散公司，但此方式成本高、周期长，需谨慎使用；
     
   • 股权强制执行：若股东对公司享有债权（如未支付的股权回购款），可通过法院强制执行股权，但需满足《公司法》及司法解释关于股权强制执行的条件。

操作建议：

1. 优先与法人及公司协商，明确未配合变更的原因（如程序瑕疵、税务问题等），尝试补充材料或完善程序；
   
2. 若协商无果，立即委托律师发送律师函，固定证据并施压；
   
3. 根据公司章程规定及股权结构，选择诉讼或股东会决议路径，制定具体方案。
   

风险提示：

• 工商变更登记需公司配合提交材料，若公司拒不配合，即使法院判决支持，仍需通过强制执行程序完成，可能耗时较长；
  
• 若股权回购价格显失公平（如远低于市场价），其他股东可能主张撤销转让协议，需提前评估风险。
  

如有进一步细节（如公司类型、股权结构、回购协议内容等），可提供更多信息以便针对性分析。