针对您提出的“股东想要取回公司公章更换法人但经营层不配合”的问题，这是一个涉及公司治理结构和法律程序的复杂情况。以下是我为您整理的详细操作步骤和建议：

一、明确法律依据与公司章程规定

首先，您需要详细查阅公司章程以及《公司法》等相关法律法规。公司章程是公司的基本法律文件，其中通常会明确规定法定代表人的变更流程、所需表决比例等关键信息。同时，《公司法》也提供了关于公司治理结构、股东权利与义务等方面的法律依据。确保您对变更法人的法律程序和条件有清晰的认识。

二、尝试沟通与协商

在采取正式法律手段之前，我建议您先与现任法人及经营层进行沟通。了解他们不配合的原因，可能是出于对公司稳定性的担忧、对变更流程的不了解，或是其他个人因素。通过开放、诚恳的对话，您可能能够消除误解，达成共识，从而避免不必要的法律纠纷。

三、依法召集并召开股东会

如果沟通无果，您需要按照公司章程和《公司法》的规定，召集并召开股东会会议。在会议上，您应就法定代表人变更事宜进行详细说明，并确保所有股东都了解变更的必要性和程序。会议需按照法定程序进行，包括提前通知所有股东、确保会议的合法性以及表决的有效性。

四、形成有效决议并采取行动

股东会形成的关于法定代表人变更的决议，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过（除非公司章程另有规定）。一旦决议有效通过，您应立即着手准备变更登记所需的相关材料，如股东会决议、新任法定代表人的身份证明等，并向原公司登记机关提交变更申请。

五、处理公章问题

关于取回公司公章的问题，如果公章目前由现任法人或经营层保管，且他们拒绝交出，您可能需要通过法律途径解决。在股东会决议有效通过后，您可以要求现任法人或经营层交出公章，以便进行后续的变更登记手续。如果他们仍然拒绝，您可以考虑向法院提起诉讼，要求确认股东会决议的效力，并要求现任法人或经营层履行配合义务，包括交出公章。

六、向法院提起诉讼以维护权益

如果现任法人无视股东会的有效决议，拒绝配合办理变更登记手续或交出公章，您有权向法院提起诉讼。诉讼请求可以包括确认股东会决议的效力、要求法人履行配合办理变更登记的义务以及交出公章等。法院经审理后，若认为股东会决议合法有效，将作出相应判决。

七、办理变更登记与后续事宜

在取得法院生效判决或现任法人主动配合的情况下，您应尽快准备好所有必要的变更登记材料，并向原公司登记机关提交申请。登记机关经审查认为申请材料齐全、符合法定形式的，将予以变更登记，完成法定代表人的更换。同时，您还需要更新公司相关文件、合同等中的法定代表人信息，确保公司的正常运营。

在整个过程中，我建议您严格遵守法律法规及公司章程的规定，确保每一步操作的合法性与合规性。如果遇到复杂情况或不确定如何操作，建议咨询专业律师或法律机构的意见。