股东不配合的情况下，仍然可以依法进行法人变更，但关键在于是否满足法律和公司章程规定的决策程序和执行程序。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律依据与决策程序
有限责任公司：
- 根据《中华人民共和国公司法》，变更法定代表人属于股东会的职权范围。若公司章程无特殊规定，一般情况下，只需代表三分之二以上表决权的股东通过即可变更法人。例如，某有限责任公司有三位股东，其中一位持股60%的股东赞成变更，即使其他两位反对，也能形成有效决议。
股份有限公司：
- 股份有限公司变更法定代表人需由股东大会作出决议。通常情况下，股东大会决议需经出席会议的股东所持表决权过半数通过。但涉及修改公司章程、增减注册资本、公司合并分立解散或变更公司形式等重大事项时，则需三分之二以上表决权通过。如某股份有限公司股东大会中，赞成变更的表决权超过出席会议股东所持表决权的半数，则变更决议有效。
二、公司章程的特殊规定
- 公司章程是公司内部治理的基本文件，若章程规定了变更法人需全体股东一致同意，则必须遵循此规定。否则，即便部分股东不同意，只要决议程序合法且符合章程规定，变更法人仍可进行。因此，在变更法人前，务必仔细查阅公司章程，确保决策程序符合规定。
三、实际操作流程与应对策略
沟通与协商：
- 在采取正式法律手段之前，股东可与现任法人进行沟通，了解其不配合的原因，并尝试通过协商解决分歧。有时候，简单的沟通就能解决误解或消除顾虑，从而避免不必要的法律纠纷。
依法召集并召开股东会：
- 若沟通无果，股东应按照公司章程及《公司法》的规定，召集并召开股东会会议。会议需按照法定程序进行，包括提前通知所有股东、确保会议的合法性以及表决的有效性。在会议上，就法定代表人变更事宜进行表决，并确保表决结果达到法定或章程规定的比例。
形成有效决议并采取行动：
- 股东会形成的关于法定代表人变更的决议，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过（除非公司章程另有规定）。一旦决议有效通过，公司应立即着手准备变更登记所需的相关材料，并向原公司登记机关提交变更申请。
向法院提起诉讼以维护权益：
- 如果现任法人无视股东会的有效决议，拒绝配合办理变更登记手续，股东有权向法院提起诉讼。诉讼请求可包括确认股东会决议的效力以及要求法人履行配合办理变更登记的义务。法院经审理后，若认为股东会决议合法有效，将作出相应判决，股东可依据该判决再次向法院申请强制执行。
四、法律后果与风险提示
- 若股东未按照法律和公司章程规定的程序进行法人变更，可能导致变更无效或引发法律纠纷。此外，若因法人变更问题导致公司经营受到严重影响或造成损失，相关责任人可能需承担法律责任。因此，在进行法人变更时，务必确保决策程序合法合规，并妥善处理与现任法人的关系。
总结与建议：股东不配合并不构成变更法人的绝对障碍。关键在于是否遵循了法律和公司章程规定的决策程序和执行程序。若遇到此类问题，建议首先查阅公司章程和《公司法》等相关法律法规，了解变更法人的具体程序和要求；然后尝试与现任法人进行沟通协商；若协商无果，则依法召集并召开股东会形成有效决议；必要时向法院提起诉讼以维护自身权益。在整个过程中，务必确保每一步操作的合法性与合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。