结论概述：针对您提出的问题，即借据上一人公司盖章但款项转给了法定代表人，后公司被转让，现在如何起诉的情况，可以从以下几个角度进行分析和操作：首先明确借款关系的主体，其次收集并整理相关证据，最后确定被告并提起诉讼。

1. 明确借款关系的主体

• 公司作为借款人：若借据上明确盖有一人公司的公章，且借款行为是公司行为（如借款用于公司经营等），则通常应认定公司为借款人。在此情况下，尽管款项实际转给了法定代表人，但这并不改变借款关系的主体。法定代表人作为公司的代表，其收款行为可视为公司收款。
• 法定代表人个人借款：若存在证据表明，尽管借据上盖有公司公章，但实际借款行为是法定代表人个人行为（如借款用于个人消费、投资等），且公司并未实际使用该款项，则可能构成法定代表人个人借款。然而，这种情况需要充分的证据支持，否则难以被法院认定。

2. 收集并整理相关证据

• 借据：作为证明借款关系存在的直接证据，借据上的公章、借款金额、借款期限等关键信息必须清晰、准确。
• 转账记录：证明款项实际支付给法定代表人的转账记录是重要证据。需确保转账记录与借据上的借款金额、时间等相吻合。
• 公司转让协议：若公司已被转让，需收集并整理公司转让协议等相关文件，以了解公司转让的具体情况，包括转让时间、转让价格、转让后公司的债务承担等。
• 其他证据：如聊天记录、邮件往来等，可能证明借款关系的实际主体或借款用途的证据，也应一并收集并整理。

3. 确定被告并提起诉讼

• 若认定公司为借款人：

  • 被告应为公司。尽管公司已被转让，但根据《公司法》及相关司法解释的规定，公司转让不影响其对外债务的承担。因此，您仍可以原公司为被告提起诉讼。
  • 在诉讼过程中，若公司提出已转让且债务应由受让方承担的抗辩，您需提供充分证据证明公司转让时并未明确约定债务由受让方承担，或该约定对您不产生法律效力。

• 若认定法定代表人个人借款：

  • 被告应为法定代表人个人。在此情况下，您需提供充分证据证明借款行为是法定代表人个人行为，且公司并未实际使用该款项。
  • 需要注意的是，若法定代表人以公司名义借款但实际用于个人用途，可能构成挪用资金或职务侵占等犯罪行为。在此情况下，您除了可以提起民事诉讼外，还可以考虑向公安机关报案。

4. 诉讼过程中的注意事项

• 及时起诉：根据《民法典》的规定，借款合同的诉讼时效期间为三年。自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。因此，您应及时起诉以避免超过诉讼时效期间。
• 申请财产保全：为防止被告在诉讼过程中转移财产导致判决难以执行，您可以在起诉时或诉讼过程中向法院申请财产保全措施。
• 积极参与诉讼：在诉讼过程中，您应积极参与庭审活动，提供充分证据支持自己的主张，并针对被告的抗辩进行有力反驳。

5. 后续行动建议

• 关注公司转让后的动态：了解公司转让后的经营状况、财务状况等，以便在诉讼过程中及时调整策略。
• 考虑和解或调解：在诉讼过程中，若双方均有和解或调解的意愿，您可以考虑通过和解或调解的方式解决纠纷，以节省时间和成本。

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